Говоря о действиях, предпринятых Столыпиным по обеспечению обороны государства, нельзя обойти вниманием вопрос о флоте. Россия после Цусимы оказалась на море практически безоружна, и нашлось много желающих заявить, что флот стране не нужен — его создание и развитие требует весьма значительных ассигнований, а потерять его можно мгновенно. Выступая в Думе, Столыпин призвал слушателей «забыть ту жгучую боль, которую испытывает каждый русский, когда касается вопроса о русском флоте», и понять, что «только тот народ имеет право и власть удержать в своих руках море, который может его отстоять». В Главном морском штабе были разработаны так называемые большая и малая судостроительные программы.
Несмотря на то, что сильная, укомплектованная по понятным принципам армия была необходима государству для защиты внешних границ, она являлась и мощнейшим социальным фактором. Говоря о флоте, Столыпин напоминал, что в действительности речь идет о живых людях, связавших с морем свою судьбу. Предложенные Столыпиным меры позволяли достичь большей справедливости при наборе в армию, уменьшить произвол государственных органов, комплектовать войска, не сдавая при этом позиции в других отраслях экономики.
Это было время, когда вся Европа жила в ожидании скорой большой войны. Уже сложилась блоковая система, Россия в ее формировании принимала самое активное участие. Однако П.А. Столыпин был принципиальным противником втягивания страны в мировую войну, считая, что для отечественной экономики, вооруженных сил, социальной структуры это будет невыносимой нагрузкой. Именно поэтому он предпринял исключительные усилия для того, чтобы Боснийский кризис 1908 г. не перерос в вооруженное столкновение. П.А. Столыпин прекрасно осознавал, что проводимые им системные преобразования могли дать свои плоды лишь через определенный период мирного поступательного развития.
Конкуренты России на международной арене, осознавая масштаб личности Столыпина, связывали перспективы внешнеполитического курса империи с теми тектоническими внутренними изменениями, которые она переживала в 1906–1911 гг. Показателен следующий случай. В мае 1908 г. Столыпин выехал инкогнито в Берлин, где в то время проживала его дочь. Затем он планировал провести 2 месяца на яхте, блуждая по скандинавским шхерам. Об этом никто не должен был знать, однако каким-то образом информация дошла до кайзера Германии Вильгельма II. Он давно хотел познакомиться с премьером России и отправился на личной яхте вдогонку за ним. Столыпин не желал нарушать инкогнито, но кайзер был настойчив. Едва яхта Николая II «Алмаз», на которой путешествовал Столыпин, бросала якорь, на горизонте появлялся штандарт немецкого императора. Несколько дней продолжалось такое преследование, но каждый раз русский премьер оказывался неуловимым. Их встреча состоялась через год в официальной обстановке в присутствии Николая II и его семьи. За завтраком кайзер сидел между императрицей Александрой Федоровной и Столыпиным. По воспоминаниям зятя Столыпина, кайзер «не сказал ни слова с императрицей и весь как бы впился в Петра Аркадьевича, засыпая его вопросами и боясь проронить хотя бы одно сказанное им слово». Чуть позже он сказал: «Необычайно счастливый день. Наконец я узнал Столыпина. Если бы у меня был такой министр, как он, я бы показал, что из себя представляет Германия… К сожалению, второго такого человека не найти».