Поражение России в русско-японской войне 1904–1905 гг. наглядно продемонстрировало необходимость скорейших преобразований в армии. Можно выделить три направления военной политики: упорядочение принципов комплектования вооруженных сил, их перевооружение, строительство необходимой инфраструктуры. В годы столыпинских реформ был разработан новый Воинский устав, четко определявший порядок призыва в армию, права и обязанности призывных комиссий, льготы по отбыванию воинской повинности и, наконец, возможности обжалования решений властей. Иными словами, правительство стремилось «вписать» отношения между гражданином и вооруженными силами в правовое пространство Российской империи.
Государство увеличивало ассигнования как на содержание офицерского корпуса, так и на переоснащение армии. При прокладке новых железнодорожных путей также учитывались военно-стратегические интересы государства. В частности, второй путь Сибирской магистрали, Амурская железная дорога должны были облегчить мобилизацию и переброску сил из различных частей империи и, соответственно, саму оборону дальневосточных окраин России.
Столыпин являлся категорическим противником силовых методов разрешения внешнеполитических конфликтов. Потрясенный бессмысленностью войны с Японией, он говорил: «Грустна и тяжела война, не скрашенная жертвенным порывом». Вместе с тем Столыпин выступал последовательным сторонником укрепления военно-стратегической мощи России. Это можно было достичь лишь при принципиально новом подходе к проблеме формировании армии, которое не должно было подрывать социально-экономическое развитие страны. По инициативе Думы межведомственной комиссией, образованной при Военном министерстве, была произведена переработка устава о воинской повинности. В нем четко прописывались льготы по отбыванию воинской повинности для различных категорий призывников, круг функций и компетенций призывных комиссий и система обжалования их решений, определение срока службы и родов войск, меры ответственности призывника от уклонения от призыва в армию и т. д.
В частности, от воинской повинности освобождались 7 категорий граждан, в первую очередь духовенство и ученые. Отсрочки предоставлялись по имущественному положению, для окончания образования, вследствие нахождения на службе по договору на судах торгового флота и по семейному положению. Вместе с тем, отправлялись служить не все, подлежащие призыву; производился набор заранее планируемого количества солдат. Поскольку это количество было заведомо меньше круга лиц, которых можно было призвать, устанавливалась детально прописанная процедура жеребьевки.