Столыпин пытался, как мог, препятствовать правоконсервативным силам «свернуть» реформаторский курс. Однако после парламентского кризиса марта 1911 г., когда Столыпин вновь демонстративно подал в отставку и по существу вынудил царя принять свой ультиматум, его отношения с Николаем II дали уже очевидную «трещину».
Непросто складывались отношения Столыпина и с правомонархическими кругами, близкими к Союзу русского народа. Хотя они и получали финансовую поддержку от правительства, взаимное сближение практически исключалось. Они отрицательно относились к попыткам Столыпина сформировать гражданское общество и правовое государство, ликвидировать сословные перегородки, создать новый средний класс, преобразовать церковный приход, ввести всеобщее начальное образование. Сходную позицию занимала и ведущая организация — Постоянный Совет съездов уполномоченных объединенных дворянских обществ, а также некоторые иерархи Православной церкви, обвинявшие Столыпина в попытках подорвать ее господствующее положение.
По-разному восприняли назначение Столыпина на пост министра внутренних дел либеральные и леворадикальные общественные и политические круги. В глазах леворадикальной общественности бывший саратовский губернатор уже давно представал в образе «душителя революции», «реакционера» и «погромщика», «крепостника-помещика» и «махрового националиста», с которым следует продолжать вести беспощадную борьбу вплоть до его физического уничтожения путем организации террористических актов.
П.А. Столыпину и его семье постоянно угрожала опасность. 18 августа 1906 г., после взрыва на Аптекарском острове, по приглашению царя в целях обеспечения безопасности глава правительства переехал вместе с семьей в Зимний дворец. Здесь он полностью утратил свободу передвижения. Каждое свое действие он должен был согласовывать со своей охраной, маршруты, которыми он двигался по столице, держались в строгом секрете.
Столыпин ежедневно прогуливался на свежем воздухе, однако часто прогулки приходилось совершать на крыше Зимнего. В иных случаях из двора выезжало несколько одинаковых карет, которые разъезжались в разных направлениях, в одной из них Столыпина доставляли за город для прогулки. При этом он сам не знал своего маршрута. Премьер часто носил под рубашкой кольчугу, в том числе он одевал ее и перед выступлениями в Думе. В портфеле он носил стальной лист, который мог послужить броней при покушении.
При этом на посту председателя правительства Столыпин, как и в прежнее время, продолжал демонстрировать личное мужество. В 1910 году он присутствовал на демонстрационных полетах биплана, сам занял место второго пилота и провел в воздухе 5 мин. 20 сек. За штурвалом биплана находился летчик М.Л. Мациевич, член партии эсеров, имевшей террористическое крыло. Показательно, что Столыпин знал о партийной принадлежности летчика и получал из различных источников информацию о возможном теракте. Тем не менее, полет прошел благополучно. А через несколько дней Мациевич разбился при выполнении очередного демонстрационного полета. Ходили слухи, что товарищи по партии не смогли простить ему упущенной возможности покончить с П.А. Столыпиным.