Однако не только левые радикалы чувствовали угрозу в проведении курса столыпинских преобразований. Либералы консервативного толка допускали возможность вступить с ним в диалог и лишь после прояснения его политических позиций принимать то или иное решение. Но левое крыло либеральной оппозиции с самого начала отнеслось к Столыпину с явным недоверием, считая столыпинские реформы тактическими уловками или полумерами и настаивая на необходимости демонтировать всю сложившуюся политическую систему. При этом, они также не отрицали возможности диалога с правительством по широкому кругу текущих и перспективных проблем. Кроме того, сказывалось и традиционное для российской интеллигенции неприятие государственной власти как таковой. Так, например, Л.Н.Толстой в своих письмах в Столыпину подверг резкой критике не только введение военно-полевых судов, земельную реформу, но и весь внутриполитический правительственный курс. В конечном счете эта полемика привела к разрыву многолетних отношений семейств Столыпина и Толстого.
Земские деятели, представлявшие преимущественно крупное землевладение, боялись утратить власть на местах и сопряженный с ней высокий социальный статус. Ликвидация старых сословных институтов (волостного суда, уездных предводителей дворянства, земских начальников) перекрывала каналы монопольного влияния поместного дворянства на все сферы местной жизни. Недаром уже в конце 1907 — начале 1908 г. поместное дворянство начало фронтальное наступление на Столыпина.
В свою очередь, крупную торговопромышленную буржуазию, привыкшую получать дотации из казны, «сверхприбыль» от реализации своей продукции, не устраивала попытка Столыпина переложить на нее определенную часть финансовых издержек, в частности, в ходе реализации пакета социальных реформ. Представители торговопромышленной буржуазии в Государственной думе, пользуясь поддержкой разного рода монопольных группировок и корпораций, блокировали принятие в Думе социальных рабочих проектов.
После издания в одностороннем порядке по 87 ст. нового избирательного закона 3 июня 1907 г. премьер фактически отрезал себе путь для сотрудничества с либеральной оппозицией, сделав ставку на консервативнолиберальные круги общества, прежде всего в лице думских фракций октябристов и умеренных националистов. Третьиюньская избирательная система предусматривала создание в III Думе многолетнего «октябристского центра», с помощью которого Столыпин и рассчитывал ускорить прохождение правительственных законопроектов через представительные учреждения. Лидер партии «Союз 17 октября» и ее думской фракции А.И.Гучков, питавший личную симпатию к премьеру, высоко ценивший его государственный ум и непреклонную волю, вплоть до марта 1911 г. оказывал Столыпину неизменную поддержку. После «мартовского инцидента», связанного с вопросом о введении земства в западных губерниях, отношения между октябристами и Столыпиным испортились, и премьер попытался привлечь на свою сторону группу умеренных националистов.