1905 год обернулся беспорядками и в городах. Митинги с красными флагами и хоругвями сменяли друг друга, а иногда происходили их ожесточенные столкновения. Так 21 июля 1905 г. в одной из гостиниц города Балашова собрался съезд местных врачей. В окнах развевались красные знамена, из помещения раздавались революционные песни. Вокруг гостиницы собралась толпа в 2000 человек, готовая растерзать медицинский персонал г. Балашова. Ситуация могла бы выйти из-под контроля, если бы не Столыпин, оказавшийся в гуще событий. Он лично вывел из гостиницы врачей, спрятавшихся в подвалах и на чердаке, и с конвоем казаков проводил их до вокзала. Толпа, недовольная таким исходом дела, бесчинствовала: громила дома, избивала попадавшихся на пути докторов, метала в них камни. Один из них достался Столыпину, задев его и так больную руку. «Какие бы поводы не выставлялись для такого самосуда, он является беззаконным и диким произволом, которого я не потерплю. Против виновных будет возбуждено преследование. В случае повторения подобного насилия, оно будет прекращено военной силой», — гласило объявление губернатора.
Эффективность политики Столыпина в борьбе с революционными эксцессами была востребована в Петербурге. 26 апреля 1906 г. он был назначен министром внутренних дел. «Вчера моя судьба решилась, — писал П.А. Столыпин жене. — Я министр внутренних дел в стране окровавленной, потрясенной, представляющей из себя шестую часть шара, и это в одну из самых трудных исторических минут, повторяющихся раз в тысячу лет. Человеческих сил тут мало, нужна глубокая вера в Бога, крепкая надежда на то, что он поддержит, вразумит меня. Господи, помоги мне. Я чувствую, что он не оставляет меня, чувствую по тому спокойствию, которое меня не покидает».
Весной 1906 г. страна не знала, куда качнется маятник: удержится ли монархия или же к власти придут революционные радикалы, останется ли земля у прежних владельцев или она будет роздана крестьянам. Столыпин стал министром за день до начала работ Первой Государственной думы, воодушевленной рождением народного представительства и мечтавшей в считанные месяцы реформировать все правовые и социальные устои России. Прежняя власть вызывала отторжение у депутатов, а появление министра в зале заседаний зачастую становилось поводом к скандалу. Да и сами высшие бюрократы не были готовы к диалогу с народными избранниками. На этом фоне со всей очевидностью выделялась фигура ПА. Столыпина, готового идти на компромисс с оппонентами, обладавшего безусловным даром красноречия и, что, пожалуй, наиболее важно, чувствовавшего нерв общественной жизни. Не случайно Столыпин вел переговоры с думским большинством относительно формирования правительства с включением в него представителей оппозиции.