Согласно проекту, никто не мог быть наказан иначе, «как в порядке, законом определенном»; никто не мог быть судим «иначе, как тем судом, которому по закону подведомственно вменяемое в вину деяние», никто не мог быть задержан или заключен под стражу либо подвергнут личному обыску «иначе, как в случаях, законом определенных, и при том лишь по предъявлении письменного на то требования, от подлежащей судебной власти исходящего».
Одновременно в проекте фиксировались правовые функции полицейских, следственных и судебных органов, которые имели право действовать исключительно в рамках закона. Лица, задержанные полицией без санкции судебной власти, должны были быть в течение 24 часов «или освобождены, или же препровождены к судье либо судебному следователю», который «незамедленно и, во всяком случае, не позднее 24 часов опрашивает задержанного и отдает письменный приказ или о дальнейшем содержании его под стражей, или об освобождении».
В проекте содержались статьи, согласно которым «никто не может быть ограничиваем в избрании места пребывания или передвижения с одного места на другое, за исключением случаев, особо в законе указанных», и «вход в жилище без согласия его хозяина допускается не иначе, как по призыву из сего жилища или для оказания помощи при несчастных случаях, или же во исполнение должностным лицом возложенных на него законом обязанностей». Полиция могла производить «осмотры, обыски и выемки без постановления о том судебной власти лишь в тех случаях, когда ею застигнуто совершающееся или только совершившееся преступное деяние, а также когда до прибытия на место происшествия представителя судебной власти следы преступления могли бы изгладиться». В проекте говорилось о нерушимости тайны почтовых, телеграфных и телефонных сношений. Отступления от этого правила допускались лишь «в целях раскрытия преступных деяний».
Очевидно, разрабатывая данный проект, Столыпин ставил и решал две взаимосвязанные задачи: во-первых, личность, получив права, включалась в единое правовое пространство и воспитывалась в духе правопорядка и законности; во-вторых, фиксируемые в проекте права личности сопрягались с ее ответственностью перед законом.
Причем, речь идет не только о законопроекте, но и о политической практике, позиции премьера, лишний раз подтвержденной в интервью иностранному журналисту в сентябре 1906 г.: «Никто не подвергался и не будет подвергаться гонениям за свои политические убеждения. Но преследовались и будут преследоваться все те, которые пропагандируют идеи революционные и действуют революционно». Предполагалось снять ограничения, связанные с национальной и конфессиональной принадлежностью граждан России. Так, в законопроекте «Об изменении законоположений, касающихся перехода из одного исповедания в другое» проводился принцип свободного избрания религии совершеннолетними. Ограничения на переход из одной веры в другую практически устранялись. В период министерства П.А. Столыпина были заметно расширены права старообрядческих и сектантских общин. По сути, старообрядцы и сектанты были приравнены к лицам православного исповедания. П.А. Столыпин предпринял шаги и к разрешению еврейского вопроса. Он настаивал на снятии наиболее значимых ограничений, наложенных на еврейское население России: в т. ч. на разрешение проживания вне черты оседлости, на приобретение недвижимых имуществ в городе и т. д. А 22 мая 1907 г. был издан циркуляр за подписью П.А. Столыпина, согласно которому приостанавливалась высылка евреев, незаконно проживавших за пределами черты оседлости. На практике это обозначало фактическую ликвидацию черты оседлости в период действия этого циркуляра.