Огромный служебный опыт, приобретенный по прежней деятельности Судебного Следователя и Товарища Прокурора, и блестящее знание сыскного дела позволили действительному статскому советнику Филиппову занимать в течении 13 лет при самых неблагоприятных внешних условиях пост Начальника Петроградской Сыскной Полиции, причем за все это время названный чиновник отличался преданностью службе, любовью к делу и выдающимся усердием, посвящая все свое время служебным занятиям. Не ограничиваясь ролью простого наблюдателя и руководителя деятельностью подчиненных, действительный статский советник Филиппов принимал личное участие в расследовании всех важных преступлений, ввиду чего многие дела были раскрыты исключительно благодаря его неутомимой и энергичной работе и целый ряд преступников, упорно отрицавших свою вину, против которых не было достаточно существенных улик, приносили повинную под влиянием его нравственного авторитета.
Особенно сильное напряжение в работе, несомненно отразившееся на состоянии здоровья, действительному статскому советнику Филиппову пришлось проявить в 1905–1906 гг. когда преступность в столице настолько увеличилась, что от чинов Петроградской Сыскной Полиции требовались для борьбы с нею громадные усилия.
За время состояния действительного статского советника Филиппова в должности Начальника Петроградской Сыскной Полиции при личном его участии был раскрыт целый ряд выдающихся преступлений, из числа коих заслуживают быть отмеченными следующие:
1) убийство швейцара Кальнинга при французском посольстве 26 июля 1903 года;
2) убийство с целью грабежа жены генерала Штрантман и ее лакея в доме № 16 по Дворцовой набережной 8 апреля 1904 года;
3) убийство заштатного псаломщика Якова Ильинского, труп которого был обнаружен на Варшавском вокзале без головы 8 июня 1906 года;
4) убийство и обезглавление Карла Геверти в Московской гостинице на Гончарной улице 21 декабря 1906 года, совершенное любовником его жены, при участии последней;
5) убийство с целью грабежа семьи Симановых, состоявшей из 10 человек, на станции Дно 24 января 1907 года;
6) убийство инженеров Берса и Нюберга в Гавани 19 мая 1907 года;
7) убийство с целью ограбления сторожа Руднева в церкви Михаила Архангела 15 июня 1909 года;
8) убийство проституток Будочниковой и Геруц в гостиницах „Дунай“ и „Кяо“, совершенное в июле 1909 года на почве садизма сыном статского советника Раткевичем;
9) убийство студента Подлуцкого, совершенное 3-го октября 1909 года в доме № 3 по Лештукову пер. инженером Гилевичем с целью получения страховой премии в 100 000 рублей; после совершения преступления Гилевич скрылся в Париже и проживал там под чужим именем, но, несмотря на это, был обнаружен и при задержании покончил с собой;