Совершенствование и развитие во время войны системы и структуры военной контрразведки сделало необходимым более четко решать и вопросы взаимодействия между различными государственными органами в борьбе с подрывной деятельностью противника. В органах военной контрразведки ответственными за взаимодействие выступали начальники КРО. «Наставление» предоставило им более широкие права по взаимодействию с другими учреждениями и ведомствами в предупреждении и пресечении различных государственных преступлений.
Рассмотрев основные положения «Наставления по контрразведке в военное время», можно сделать вывод, что после июня 1915 г. действовало два основных нормативных акта, регулировавших борьбу с иностранными разведками. Деятельность контрразведывательных органов военных округов вне ТВД регулировалась «Положением о контрразведывательных отделениях» 1911 г. Оно определяло структуру и частично компетенцию контрразведки ГУГШ. Цели, задачи, права и обязанности, порядок взаимодействия контрразведывательных органов на театре военных действий между собой и с другими органами, их штаты и структура регламентировались «Наставлением по контрразведке в военное время», утвержденным 6 июня 1915 г. Поэтому структура всей военной контрразведки России в это время строилась на основании этих двух нормативных актов.
«Наставление по контрразведке в военное время», предоставив штабам фронтов и отдельных армий право организовывать по усмотрению последних контрразведывательные органы в корпусах и наиболее важных населенных пунктах, способствовало тем самым созданию в ходе войны довольно гибкой и разветвленной системы военной контрразведки. Русская контрразведка в этот период с успехом разоблачала не только действия отдельных шпионов и шпионских групп, но даже была осведомлена о составе самих разведывательных органов австро-германских войск, о чем свидетельствуют списки личного состава этих органов, имевшиеся в Генеральном штабе России[30].
К недостаткам «Наставления» следует отнести подчинение КРО военных округов на ТВД военно-цензурным отделениям штабов этих округов. Задачи военной цензуры в деле борьбы со шпионажем более узкие, чем у контрразведки, и не понятно, как последняя могла оказаться в подчинении органов военной цензуры. «Наставление» продолжало сохранять КРО на положении негласных органов. Поэтому контрразведка по-прежнему была не популярна в стране и лишена поддержки со стороны общественности в борьбе с иностранным шпионажем. Это приводило к тому, что иногда сотрудников и агентов контрразведки, обращавшихся от имени КРО к военным властям за помощью, арестовывали и избивали как подозрительных элементов