По ходатайству командиров корпусов и начальников отдельных отрядов в их штабы КРО выделяли для ведения контрразведки одного или нескольких агентов. Они поступали в подчинение офицеров, ведавших разведкой, но оставались в ведении командировавших их начальников КРО. В дальнейшем в ходе войны принятие таких мер привело к созданию корпусных контрразведывательных пунктов. Так, штаб Северного фронта 17 мая 1916 г. отдал распоряжение для КРО армии о выделении в каждый корпус одного старшего агента, опытного в деле контрразведки, желательно чиновника, и не менее трех младших агентов[27].
Для постановки контрразведки в корпусах штабы фронтов и армий разрабатывали специальные инструкции. В них указывали цели, задачи, организацию, компетенцию и другие вопросы, связанные с деятельностью контрразведывательных органов[28].
Определенная работа по борьбе с иностранными разведками проводилась также в дивизиях и полках. Ответственность за контрразведку в этих соединениях и частях несли их командиры, а непосредственными исполнителями, как правило, выступали дивизионные и полковые коменданты[29].
В районах крепостей за контрразведку отвечали коменданты и начальники штабов крепостей. Общие указания для них по контрразведке поступали от соответствующих штабов фронтов или отдельных армий.
Для выявления шпионов в поездах железных дорог, на пароходах, на тыловых армейских и корпусных путях передвижения войск действовали посты подвижных наблюдательных агентов, подчинявшиеся начальникам местных КРО.
Все контрразведывательные отделения на ТВД, за исключением КРО военных округов, формировались и состояли при разведывательных отделениях отделов или управлений генерал-квартирмейстерской службы. Начальники КРО подчинялись соответствующим начальникам разведывательных отделений. Следует отметить, что «Наставление» 1915 г. по сравнению с «Положением о контрразведывательных отделениях» значительно усилило подчиненность KРО разведывательным отделениям штабов армий и фронтов. Это усиление проявилось по всем линиям деятельности КРО и преследовало цель улучшить контакт и взаимодействие разведывательных органов с военной контрразведкой по борьбе с иностранными разведками. КРО военных округов на театре военных действий состояли при военно-цензурных отделениях штабов округов. Соответственно начальники КРО военных округов на ТВД подчинялись непосредственно и. д. старшего адъютанта военно-цензурного отделения.
Организация контрразведки вне театра военных действий строилась на основании действующего Положения о контрразведывательных отделениях 1911 г. с теми изменениями, которые были вызваны установлением порядка регистрации, предусмотренного «Наставлением» 1915 г.