Однако постановление о создании самостоятельного железнодорожного отдела реализовано не было. Железнодорожный подотдел в то время так и остался подразделением иногороднего отдела. Причин этому было несколько. Первая заключалась в том, что, по мнению начальника иногороднего отдела В.В. Фомина, для успешной охраны железных дорог необходима была более тесная связь соответствующего отдела с провинциальными ЧК, находившимися в ведении иногороднего отдела. Кроме того, не была до конца организована система железнодорожных ЧК. Наконец, важной причиной невыделения подотдела в самостоятельный орган было то, что, по словам Фомина, на предстоящей конференции чрезвычайных комиссий планировалось организовать «более общий орган борьбы за восстановление транспорта». «Поскольку “Главвод”, — писал Фомин, — также пришел к правильному решению вопроса о передаче борьбы с контрреволюцией, саботажем и спекуляцией на всех водных системах в руки Чрезвычайных комиссий, этот вопрос борьбы за восстановление транспорта становится более централизованным… Как в центре, так и на местах, после Конференции надо будет вместо железнодорожных отделов создать «Отдел путей сообщения», в состав которых, как подотделы, войдут железные дороги, водно-речные и морские пути, шоссейные дороги и, как однородный по сложности аппарат, почтово-телеграфный, где ЧК также необходимо иметь своих комиссаров, выделенных из коммунистических фракций этих ведомств»[105].
Следствием августовского (1918 г.) постановления Совнаркома стали изменения в кадровом составе железнодорожного подразделения. Заведующим подотделом стал М.Н. Смирнов, членами коллегии — А.Н. Горбунцев, С.А. Коротков и В.Л. Мазия (секретарь подотдела). Трое из четверых членов новой коллегии до своего перехода в августе в ВЧК имели прямое отношение к системе наркомата путей сообщения. Двое из них — М.Н. Смирнов, ставший заведующим подотделом, и С.А. Коротков — были членами исполкомов соответственно Александровской и Самаро-Златоустовской железных дорог, а третий — А.Н. Горбунцев служил непосредственно в Народном комиссариате путей сообщения (НКПС)[106].
Помимо основных отделов, занимавшихся борьбой с противниками большевистской власти, должностными преступлениями и т. д., во второй организационный период в системе ВЧК создавались отделы, предназначенные для решения некоторых важных задач, стоящих перед столичными властями. Так, с 21 августа 1918 г. при ВЧК начал функционировать отдел стратегического уплотнения (заведующий Э.И. Карповиц). В его функции входило обследование и реквизиция помещения верхних этажей, признанных новой властью важными в стратегическом отношении. Отдел наблюдал за ходом выселения из реквизированных у буржуазии квартир и заселении их «советским» элементом по ордерам президиума Моссовета и центральной жилкомиссии. Кроме того, у подразделения были полномочия накладывать штрафы или реквизировать имущество лиц, не исполняющих распоряжения ВЧК.