Многочисленные злоупотребления со стороны чекистов, особенно часто отмеченные после провозглашения «красного террора», заставили большевистских руководителей и руководство ряда ведомств, в том числе финансирующего ВЧК НКВД, добиваться существенного реформирования подразделения чекистского внутреннего контроля — контрольно-ревизионной коллегии (КРК). 2 ноября 1918 г. по предложению НКВД президиум ВЧК принял решение о реорганизации КРК на следующих основаниях: в комиссию должны были быть введены по одному представителю от комиссариатов внутренних дел, юстиции, ВЦИК, ЦК РКП и Президиума ВЧК.
КРК самой предоставлялось право набирать необходимый штат служащих для выполнения своих задач, а члены коллегии выбирали из своей среды председателя, который ведал всеми делами КРК. Коллегия должна была собираться не реже одного раза в неделю, и все решения в ней принимались простым большинством голосов. Председателем ее в декабре 1918 г. вместо Савинова был избран член контрольно-ревизионной коллегии НКВД Т.К. Грикман. Тогда же в состав КРК вошел прибывший с Дона комиссар юстиции местной советской республики С.Л. Лукашин (Срабионян), юрист по образованию, успевший поработать и следователем, а затем и руководителем следчасти в контрреволюционном отделе.
Однако структурные изменения и кадровые перестановки не привели к заметному улучшению работы контрольно-ревизионной коллегии. Как писал 10 декабря 1918 г. наркому внутренних дел Г.И. Петровскому представитель комиссариата в КРК и ее член А.И. Лацис (не имевший никакого отношения к М.Я. Лацису-Судрабсу), коллегия не может выполнять сколько-нибудь успешной работы, так как ее членами являются чекисты, и она, собственно, является вспомогательным органом ВЧК[118]. В письме же Петровскому председателя КРК Грикмана вообще констатировалось, что коллегия, планировавшаяся как орган контроля и ревизий всех распоряжений ВЧК, находящихся в ее ведении дел и действий отдельных сотрудников, превратилась в своего рода «справочное бюро»[119]. Таким образом, превращения коллегии из внутриведомственного в межведомственный контрольный орган так и не произошло, вследствие чего сохранялась бесконтрольность карательного ведомства.
Делая выводы о формировании структуры ВЧК, нужно сказать, что начальный период ее существования характеризуется созданием отделов, занимавшихся борьбой с контрреволюцией, саботажем и спекуляцией и поиском ее организационных форм. С весны 1918 г. основная чекистская работа была сосредоточена в четырех главных отделах — по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией, должностными преступлениями и информационном, позже реорганизованном в иногородний. Эти отделы, особенно контрреволюционный, к середине 1918 г. превратились в гипертрофированные по своим функциям образования, что особенно ярко проявилось в разгар «красного террора» осенью 1918 г. В середине 1918 г. был создан ряд вспомогательных, технических подразделений, а также отделов, выполнявших временные поручения большевистской власти.