В марте 1921 года чекисты арестовали некоторых ответственных работников управления Свирьстроя.
6 мая 1921 года Ленин писал своему секретарю следующее:
По делу арестованных строителей гидростанций на Свири надо узнать:
1) в чьих руках и в какой стадии; 2) освобождены ли те, к которым не предъявлено до сих пор конкретного обвинения; 3) тоже: те, кого можно освободить условно; 4) солидно ли поставлена техническая экспертиза обвинения?
В тот же день заместитель председателя ВЧК И. С. Уншлихт направил Ленину копию заключения особоуполномоченного Экономического отдела ВЧК от 8 апреля с обвинением руководящих работников Свирьстроя в должностных преступлениях и свой доклад с выводом о необходимости доследования дела на месте специальной комиссией.
Указанная комиссия была создана. Она вынесла заключение о необходимости временно приостановить строительство на Свирьстрое.
В конце мая 1921 года Л. Б. Красин в письме к Ленину сообщал, что, будучи проездом через Петроград, ему пришлось познакомиться с делом Свирского строительства, по которому арестовали несколько десятков лиц инженерно-технического персонала. Несмотря на то, что большая часть арестованных была освобождена, он просил отпустить на поруки инженеров В. А. Погоржельского и А. И. Грабовского, которых хорошо знал. В заключение письма Красин высказал мнение, что это дело не представляет контрреволюционного характера, и что большую часть задержанных придется вернуть на свою работу.
В связи с данным обращением Ленин направил запрос Уншлихту, в котором просил срочно сообщить ему отзыв на письмо Красина.
Запрошенные Лениным сведения ВЧК выслала 23 августа 1921 года: главный инженер строительства В. П. Шаверновский, его помощник В. Ф. Погоржельский и ряд других лиц были осуждены к различным срокам лишения свободы. Большинство арестованных освободили за недоказанностью обвинения.
Выявленные в ходе следствия по делу Свирьстроя организационно-производственные и иные нарушения и недостатки были учтены на других строительных объектах, в том числе на строительстве Волховстроя.
Лица, совершавшие должностные преступления, нередко состояли в антисоветских организациях или были с ними связаны. В августе 1921 года сотрудники Петрогубчека закончили следствие по делу, возбужденному на группу лиц, работавших в Петротопе, которые обвинялись в дезорганизации работы Уральской и Сибирской экспедиций, занимавшихся заготовкой топлива, и в распространении анархистских листовок и документов. На их след вышли сотрудники отделения дорожно-транспортной ЧК станции Егоршино Пермской железной дороги.