Первая группа средств включает в себя: четыре автоматические станции прицельных и прицельно-заградительных помех, станции активных помех, автомат пассивных помех АПП-22. Эта аппаратура установлена в кабине сопровождающих и грузовом отсеке и управляется оператором радиоэлектронного противодействия.
Вторая группа состоит из станции ответных помех и двух комплектов автоматов пассивных помех АСО-21 с автоматами сброса дипольных отражателей. Кормовая кабина заменена хвостовым обтекателем, в котором размещена аппаратура индивидуальной защиты. В нижней части этого обтекателя находятся выводные горловины автомата сброса дипольных отражателей.
Эти установленные комплексы противодействия обслуживаются автономными системами электропитания, охлаждения, гидравлики и пневматики, системой наземного обслуживания, биологической защиты экипажа.
В 1970 г. были построены 27 самолетов.
Ан-12БК-ППС (1971-1974 гг.) - специальный вариант Ан-12БК для постановки помех. Самолет оснащен более мощным комплексом средств радиоэлектронной защиты, который способен создавать в любых комбинациях активные, пассивные и инфракрасные помехи большой мощности. Отличается от Ан-12ПП дополнительной установкой четырех станций активных помех "Сирень-Д" в контейнерах на внешней подвеске в носовой и хвостовой частях фюзеляжа, четырех автоматов инфракрасных помех АСО-2И.
Некоторые самолеты оснащались автоматами сброса дипольных отражателей с выводными трубами, подвешенными под кормовой кабиной стрелка.
Летные характеристики самолетов-постановщиков помех незначительно отличаются от летных характеристик базовых самолетов Ан-12. Построены 19 самолетов.
Ан-12БЗ-1 и Ан-12БЗ-2 - варианты самолета Ан-12 для отработки системы заправки топливом в полете: первый - оборудован системой для приема топлива, второй - самолет-заправщик. Дооборудование серийного самолета осуществляется путем установки штанги-приемника и дополнительной топливной магистрали, соединяющей штангу с системой централизованной заправки - для заправляемого самолета; подвесного агрегата заправки и дополнительной емкости для топлива с насосами и трубопроводами - для самолета-заправщика.
Такая модернизация обеспечивает увеличение дальности полета с грузом 20 т до 3800 км, а с 7 т - до 6900 км. В 1969 г. был выполнен аванпроект.
Ан-12М ЛЛ (1975 г.) - летающая лаборатория для испытания систем катапультирования. Самолет оборудован поворотной кормовой экспериментальной кабиной, обеспечивающей катапультирование под любым углом к горизонту.
Целый ряд работ был выполнен по системе аварийного покидания самолета с помощью буксировочного ракетного двигателя (система К-37 совместной разработки фирм "Звезда" и "Искра").