Для выявления причин продольной неустойчивости были проведены длительные исследования, в ходе которых меняли балансировку руля высоты и элеронов, устанавливали гибкую тягу вместо пружины для сервокомпенсаторов руля направления, в целях поступления большего количества воздуха для дренажа днища открывали крышку палубного люка в фотоотсеке. Но на характер пробежек указанные изменения никак не повлияли. Тогда попытались вместо крышки люка установить неуправляемый воздухозаборник для дренажа. Движение по воде стало спокойнее, а продольные колебания менее интенсивными. В результате на самолет был установлен управляемый заборник воздуха для дренажа. Пробежки, проведенные 29 мая 1952 г., показали, что на скорости 196 км/ч при открытом заборнике воздуха для дренажа движение самолета стало заметно устойчивее.
Первый полет реактивной летающей лодки Р-1 состоялся 30 мая 1952. г. Пилотировал самолет летчик-испытатель И.М. Сухомлин. Полет был выполнен успешно, несмотря на появление на скорости выше 370 км/ч тряски хвостовой части и троекратное выбрасывание самолета из воды при ее касании во время посадки.. Заводские испытания проходили довольно трудно. К неустойчивому глиссированию добавилась тряска в полете.
После многочисленных экспериментов в гидроканале ЦАГИ удалось найти эффективные способы устранения гидродинамической неустойчивости. Октябрь и ноябрь 1952 г. ушли на доработку опытного самолета. Передний редан был увеличен до 243 мм и сдвинут назад на 300 мм. Основательно была переделана дренажная система: заборник воздуха заменен на новый, управляемый с увеличенной площадью на входе, на дренажные трубы были установлены коллекторы, заменен обтекатель на оперении и т. д. Зимний период был использован для новых доработок самолета, а летом 1953 г. заводские испытания продолжились. Они недопустимо затянулись и, по существу, превратились в экспериментальную отработку аэрогидродинамики опытного самолета. Помимо редана изменениям подверглись крыло и оперение. В частности, закрылки были заменены на выдвижные щелевые, была уменьшена площадь руля направления, установлен новый обтекатель стыка киля со стабилизатором.
Несмотря на высокие летные характеристики (опытная машина поднималась на высоту 11 500 м и развивала невиданную для гидросамолета скорость - 800 км/ч), гидросамолет Р-1 на государственные испытания передан не был.
В дальнейшем реактивная летающая лодка Р-1 использовалась на опытном заводе в качестве летающей лаборатории и для тренировочных полетов. В феврале 1956 г. летчик-испытатель М. Власенко совершил аварийную посадку в Геленджикской бухте с выбросом машины на мель.