Новая амфибия была снабжена комплектом функционального оборудования, предназначенного для решения задач самолетовождения, инструментальной посадки в условиях ограниченной видимости и ночью, а также комплектом целевого оборудования, позволяющего вести поиск и борьбу с подводными лодками.
Установленная на борту поисково-прицельная система ППС-12 включала: радиогидроакустическую систему "Баку", авиационный поисковый магнитометр АМП-60Е, радиолокационную станцию "Инициатива-2Б", автоматический навигационный прибор АНП-1В-1, прицельно-вычислительное устройство ПВУ-С "Сирень-2", доплеровский измеритель путевой скорости и угла сноса ДИСС-1, автопилот АП-6Е, некоторые элементы пилотажно-навигационного оборудования. При размещении радиоэлектронного оборудования был решен ряд проблем, связанных со спецификой работы аппаратуры и эксплуатацией самолета-амфибии:
обеспечена электронная совместимость множества антенных устройств, установленных на палубе самолета;
создан совместно с ВИАМ и установлен обтекатель для антенного поста радиолокационного доплеровского измерителя путевой скорости и угла сноса самолета, способный сохранять стабильность радиотехнических параметров после длительного пребывания его в морской воде;
выполнены в немагнитном исполнении корма лодки, хвостовое оперение, хвостовая опора шасси и размещаемое в хвостовой части самолета оборудование (за исключением некоторых крепежных деталей все было изготовлено из алюминиевых сплавов, бронзы и меди).
Основная система электроснабжения постоянного тока состояла из четырех стартер-генераторов, установленных по два на каждом двигателе, одного генератора ГС-24А на энергоустановке АИ-8 и двух аккумуляторных батарей. Системы электроснабжения переменного однофазного и трехфазного тока были установлены в качестве вспомогательных. Бе-12 являлся одним из первых самолетов в стране, на котором системы электроснабжения были выполнены со 100 %-м резервом и была обеспечена качественная селективность сети.
Гидросистема, предназначенная для обслуживания шасси (выпуск, уборка, торможение), закрылков и створок грузового люка, состояла из двух автономных систем: основной (дублированной, ее насосы были установлены на двигателях) и запасной (ее насос был снабжен электроприводом).
Пневмосистема, обеспечивающая работу силовых пневмоцилиндров, наддув отсеков радиоэлектронного оборудования, гидробаков и шлангов герметизации, представляла собой довольно мощную и разветвленную систему. В качестве источников сжатого воздуха использовали автономные баллоны в функциональных системах, а в системе питания - центральный баллон и электроприводной компрессор.