— УЭСУГИ-РЮ. Создана Садаюки Cypyганоками для оказания услуг лайме Уэсуги Кэнсин. Зона влияния — область Ниата.
— КАДЗИ-РЮ. Организована Кадзи Кагэхидэ Оминока-ми, учеником основателя Уес-ути-рю. Поддерживала связь с руководителями Хаттори-рю (провинция Ига).
— МАТСУМОТО-РЮ. Эта школа действовала в округе Тихиги.
— ГЬОККО-РЮ носит имя китайского монаха-люгая Гьокко Тее, разработавшего очень эффективный стиль ведения ближнего боя.
— МАТСУДА-РЮ Эта школа нин-дзютсу действовала в провинции Ибазаки.
— КОЙО-РЮ, НИНРО-РЮ, ТАКЭДА-РЮ были основаны для поддержки легендарного Такэда Сингэн. Агенты этих кланов славились мастерством переодеваний и часто действовали в облике странствующих монахов и торговцев.
— ФУМА-НИН-ПО (округ Канагава) сформировалась под руководством Фума Котаро и специализировалась на ведении партизанской войны.
— АКИБА-РЮ и ИХИЗЭН-РЮ (округ Аихи) образованы Масакату Короки, известнейшим в этом округе воином.
— МИНО-РЮ базировалась в округе Гифу. Развилась во время господства Санто Досан и включала в себя ниндзя Карокава из области Кога
— ИХИДЗЭН-РЮ располагалась в округе Тойяма. Основана ниндзя провинции Ига, бежавшими от войск Ода Нобунага.
— ИОСИТСАН-РЮ впитала в себя все искусство шпионажа Сабуро Исэ и «горных воинов» — ямабуси. Основателем является Иоситсан Минамото. Школа знаменита своей техникой прыжков и тактикой внезапного нападения.
— КОГА-РЮ по сути являлась региональной организацией, объединявшей более 50 сетей ниндзя. Сферой влияния была огромная провинция Кога.
— ИГА-РЮ также представляла собой объединение нескольких кланов, самыми влиятельными из которых, по одной из версий, являлись Момоти-рю, Хаттори-рю, Фуд-зибаяси-рю.
— НЕГОРО-РЮ основана Миосан Сутинобо, специалистом по огнестрельному оружию.
— САИГА-РЮ славилась специалистами по огнестрельному оружию и взрывчатым веществам.
— НАТОРИ-РЮ организована Натори Масатакэ Сан-дзюро, автором «Со-Нин-Ки» (справочник по нин-дзютсу).
Последние три школы нин-дзютсу вместе с Кисю-рю действовали преимущественно в округе Вакайяма.
— БИЗЭН-РЮ располагалась в округе Окайяма.
— ФУКУСИМА-РЮ сформирована Нодзиридзиро Дзи-роуэмон Наримаза в округе Симанэ.
— КУРОДА-РЮ поддерживала семью правителей Куро-да в округе Фукуока.
— НАНБАН-РЮ. Школа курировали окрестности Нагасаки.
— САТСУ МА-РЮ оказывала тайные услуги семье Си-мацу в местности Кагосима.
Большинство из перечисленных выше школ прекратили свое существование задолго до начала эпохи Мэйдзи в 1868 г.
Эмблемы кланов ниндзя Кога-рю и Ига-рю.