Таковы основные черты удачной счастливой судьбы этой творческой личности. Но в реальности все было гораздо сложнее и далеко не всегда приносило ничем не омрачаемую радость и редко давало надежное материальное удовлетворение.
Бородин всю жизнь пытался понять, что для него важнее – музыка или химия, мучился от мысли, кому отдать свои лучшие силы и время. С детства он играл на флейте, фортепьяно, виолончели, с 9 лет начал сочинять музыку, в 16 лет о нем говорили как о даровитом композиторе. Но душа его тянулась к химии, в 17 лет он поступил в Петербурге (где родился) в Медико-химическую академию, со временем защитил докторскую диссертацию, был отправлен на 3 года в зарубежную командировку. Его друзьями были Д.И. Менделеев, А.М. Бутлеров, И.М. Сеченов и некоторые другие будущие светила русской науки. В немецком городе Гейдельберге Бородин познакомился с молодой московской пианисткой Екатериной Сергеевной Протопоповой. В 1862 г. они поженились (ему 29 лет), когда вернулись в Петербург, и он стал адъюнкт-профессором в Медико-хирургической академии. Брак был удачным, но не сполна счастливым; у Бородиных своих детей не было, поэтому со временем у них появились воспитанницы. Жизнь их семьи омрачила со временем и болезнь Е.С. Бородиной – неизлечимая астма. Из-за болезни жена не могла долго жить в Петербурге и полгода обычно проводила у ее родителей в Москве или Подмосковье. Бородин без нее тосковал. Но когда тяжело больная жена приезжала в Петербург, то жить ему и творить становилось труднее. С годами Бородина одолевали все в большой мере материальные проблемы, тем более что он был порядочным и щедрым человеком. Нужно было оплачивать лечение жены, содержать воспитанниц, помогать родственникам, нуждающимся студентам, тратить деньги на приобретение различных, всегда недостающих в лаборатории препаратов. Бородин преподавал в Лесной академии, ради денег делал переводы с иностранных языков (несколько из них он знал превосходно). И в таких условиях Бородин проводил свои научные исследования, писал музыку и даже осуществлял общественную деятельность. Благодаря хлопотам Бородина были открыты и работали (но недолгое время) Женские врачебные курсы – первое и единственное тогда в России учебное заведение, где женщины могли получить высшее медицинское образование.
Большое влияние на Бородина и его музыкальное творчество оказал М.А. Балакирев (1837—1910) – крупнейший композитор, признанный глава и вождь творческого содружества русских композиторов («Могучая кучка»). Балакирев первым разглядел феноменальную музыкальную одаренность Бородина. Видимо, именно он помог ему осознать, что он хотя и способный ученый-исследователь, а главное – он неординарный, скорее всего – гениальный композитор. Создавая музыку, Бородин чувствовал себя счастливым человеком, музыка давала ему силы для жизни, работы, помощи людям. Музыкальные произведения принесли Бородину восхищение ими широкой публики и профессионалов. Его «Вторая, Богатырская симфония» (1876), открывшая героико-эпическое направление в русском симфонизме, стоит в одном ряду с лучшими произведениями мировой музыкальной классики. В ней воплощены непреходящие духовные ценности, духовные качества русского человека. Музыка и музыкальное творчество помогали Бородину преодолевать бытовые трудности.