Важной архитектурной частью мечети Гази Ахмед-паши стал и квадратный внутренний двор, окруженный по периметру крытой галереей. В центре двора расположен фонтан омовений, а на противоположной от мечети стороне двора – здание медресе с кельями для учащихся и большим помещением для занятий, служащим одновременно и залом для молитв.
Галерею вокруг двора мечети украшают античные колонны и прекрасные орнаментальные панно из желто-зелено-бело-синих изразцовых плиток, выполненных в технике «куэрда сека» (сухая нить). Принцип этого метода заключен в том, что краски различных цветов, наносимые на поверхность плитки, отделяются друг от друга специальным составом («сухой нитью»), сгорающим при обжиге, что придает облику изготовленных изразцов особые контрастность и выразительность. В Османскую империю эта технология, вероятнее всего, попала в начале XVI в. вместе с евреями-сефардами, изгнанными католическими правителями из Испании в эпоху колумбовых и более поздних открытий Нового Света..
Заказчиком строительства мечети в 1554 г. был великий везир Кара Ахмед-паша, муж Фатьмы Султан, сводной сестры султана Сулеймана Великолепного. Его взлет к опасным вершинам государственной власти оказался неожиданным, но недолгим.
В 1553 г., в самом начале войны с Персией, Роксолана вместе со своим зятем, великим визирем Рустем-пашой, смогли убедить Сулеймана I в том, что шехзаде (принц) Мустафа вступил в сговор с иранцами с целью захвата трона.
Султан отреагировал быстро и жестоко, но известие о неожиданной казни Мустафы вызвало взрыв негодования среди янычар, обожавших своего командира – старшего сына султана от первой жены Махидевран и законного престолонаследника. Однако мудрый политик Сулейман, искусно сочетавший в делах управления империей кнут и пряник, смог предотвратить назревающий бунт, пообещав янычарам прибавку к жалованью и сместив Рустем-пашу с должности великого визиря.
Заменой ему по воле султана в 1553 г. стал Кара Ахмед-паша, скорее всего потому, что его жена Фатьма Султан, будучи дочерью султана Селима I, пользовалась уважением среди янычар.
Но не миновало и пары лет как, выбрав удачный момент, хитрый Рустем-паша при поддержке Роксоланы обвинил Ахмед-пашу в мздоимстве и, добившись от султана Сулеймана I его казни, снова стал великим визирем.
Злосчастный Кара Ахмед-паша, так и не успевший увидеть конечный результат строительства, похоронен вместе с Фатьмой Султан в тюрбе, возведенной к западу от своей мечети.