В 1820 году было объявлено о раскрытии обширного заговора против Франсии во главе с Йегросом и бывшими членами хунты. 68 подлинных или мнимых заговорщиков вскоре были расстреляны (Йегрос умер в тюрьме, не дожив до казни), а еще около 400 человек приговорили к пожизненному заключению.
С самого начала правления Франсия укреплял свою диктатуру весьма брутальными – и в то же время изобретательными методами. Контроль за жизнью народа приближался к абсолюту. Многочисленные агенты и осведомители тайной полиции везде выискивали крамолу; процветала система всеобщего доносительства, страну опутывали сети взаимной слежки. Малейшего подозрения в неблагонадежности было достаточно, чтобы без суда бросить человека в тюрьму, отправить на каторгу или лишить имущества и вместе с семьей выслать в глухой отдаленный регион.
Справедливости ради надо заметить, что режим Франсии можно назвать репрессивным, но не кровавым. Массовый расстрел 1820 года был единственным эпизодом подобного рода. А за дальнейшие 20 лет в Парагвае казнили в общем счете менее 100 человек. Даже с учетом того, что население страны тогда составляло около 200 тысяч человек, это не так уж много, особенно по меркам XIX века. Франсия предпочитал не убивать своих врагов, а держать их за решеткой.
Будучи сам весьма образованным, диктатор опасался интеллектуалов и просто начитанных людей. Любого человека с образованием выше начального он подозревал в вольнодумстве, поэтому уже в 1822 году в Парагвае упразднили университет и все средние учебные заведения. Остались лишь те, в которых обучение сводилось к урокам чтения, письма, основ арифметики и идеологической накачке.
Франсия считал, что главной задачей школьного образования является воспитание в детях патриотизма, дисциплины и готовности подчинять свои личные устремления интересам государства. Эти идеи диктатор сформулировал в написанном им «Политическом катехизисе», который использовался в школах в качестве учебного пособия. А чтобы как можно больше людей могли постичь «Катехизис» и другие подобные тексты, начальное образование в Парагвае стало обязательным, правда, только для мальчиков. Таким образом, Франсия, пожалуй, первым в мире понял значение всеобщей грамотности в деле всеохватной индоктринации. И не только понял, но и воплотил это понимание на практике.
Еще одной особенностью правления Франсии являлась непримиримая борьба с католической церковью, к которой он, несмотря на свое богословское образование, испытывал острую неприязнь, вероятно, видя в ней конкурента. В 1819 году из страны выслали епископа, назначенного Ватиканом, а на его место Франсия поставил собственного назначенца, присвоив ему титул генерального викария. В 1824 году по его приказу в Парагвае закрыли монастыри, церковные школы, духовные семинарии и запретили деятельность религиозных орденов – решение весьма радикальное и явно демонстрирующее силу власти диктатора, учитывая традиционно важную роль католицизма в Южной Америке. Этим же декретом в стране вводился гражданский брак.