Однако выпады против духовенства простыми запретами не ограничились. Вскоре последовали массовые аресты священников и конфискация церковного имущества в пользу государства. Репрессированное духовенство заменили чиновники в рясах. В итоге церковь Парагвая превратилась в государственную структуру по пропагандистской обработке населения, тесно сотрудничавшую с полицией. Узнав о таких «реформах», папа римский отлучил Франсию от церкви, но «Верховный» не обратил на это никакого внимания.
Попутно в том же 1824 году были ликвидированы органы народного самоуправления, а вся власть на местах перешла к правительственным чиновникам, обретя жесточайшую централизацию. В 1826 году под запрет попали общественные организации, а также собрания, шествия и любые другие публичные мероприятия, кроме организованных властями.
Во внешней политике Франсия, как уже говорилось, придерживался принципов изоляционизма и опоры на собственные силы. Экспортно-импортные операции и контакты с иностранцами постепенно свелись к нулю, зато всячески поощрялось внутреннее производство. Как будто повторяя японский опыт самоизоляции от «иноземных варваров» и торговли с ними лишь через порт Нагасаки, в Парагвае с 1823 года для внешней торговли был открыт единственный портовый городок Итапуа, стоявший на пограничной с Бразилией реке Парана. Вести эту торговлю могли лишь его постоянные жители, получившие специальные правительственные лицензии, в которых указывалось, что данному гражданину разрешено торговать с иностранцами, поскольку он – «добрый слуга отечества и всецело предан святому делу свободы». В 1829 году закрылась и эта отдушина, а «железный занавес» вокруг Парагвая стал полностью непроницаемым.
Пересечение границы в обоих направлениях требовало личного разрешения диктатора, получить которое было почти невозможно. А попытки самовольно покинуть страну приравнивались к государственной измене и карались смертной казнью.
Иностранцам, которые оказывались в Парагвае без въездных документов, тоже приходилось несладко. Широкий международный резонанс получила история знаменитого французского ученого – географа и ботаника Эме Бонплана. В 1821 году, путешествуя по Южной Америке, он заехал на приграничную с Парагваем и почти безлюдную в те времена территорию аргентинского штата Корьентес. Бонплан не знал, что Парагвай считал эту территорию своей, и жестоко поплатился за неосведомленность. Вскоре ученый был схвачен парагвайскими солдатами, под конвоем доставлен в Асунсьон, там – обвинен в шпионаже и приговорен к пожизненному заключению в военном форте Санта-Марта.