Губерния стала выходить из-под советского контроля в середине октября 1918 года, когда в ходе мобилизации произошли крестьянские выступления в Ильинской, Васильковской и Микляевской волостях Угличского уезда. Кроме отказа служить в Красной армии восставшими выдвигались политические лозунги созыва Всенародного или нового Учредительного собрания, звучали призывы к свержению Советов. Однако в данном случае все закончилось очень быстро. Через несколько дней угличский уездный военком телеграфировал в Ярославль: «Все ликвидировано. Обложили контрибуцией, взяли заложников. Белые растерялись. Красные действовали решительно».
Самым масштабным в 1918 году стало Мологское восстание, которое началось в конце октября – начале ноября и охватило ряд волостей Мологского и Мышкинского уездов. Непосредственным поводом к выступлению стала опись хлебных запасов, проводившаяся в уезде, в ходе которой комбеды наложили на крестьян многочисленные «контрибуции» и осуществили разного рода «реквизиции». Среди крестьян быстро распространились слухи о том, что большевики заберут весь хлеб и зимой придется голодать. Масла в огонь подлили также злоупотребления местной власти и Мологской ЧК. Выступление началось как стихийное, но скрывавшиеся в уезде офицеры (как из местных жителей, так и бежавшие из Ярославля после подавления мятежа) попытались придать движению более или менее организованный характер.
Центрами восстания стали села Покровское-на-Сити, Некоуз, Веретея и другие. Из них объединенные силы крестьян двинулись на Мологу. В городе было введено осадное положение, был создан военно-революционный комитет. Положение казалось настолько критическим, что из Мологи предполагалось эвакуировать по Волге все советское руководство. Однако благодаря резервам, прибывшим из Рыбинска, наступление удалось остановить. После этого повстанцы захватили железнодорожные станции Харино, Шестихино, Маслово. Когда возникла угроза захвата станции Волга и стратегически важного моста через одноименную реку, реакция властей была предельно жесткой. В уездах начался террор, который осуществлялся как отрядами ЧК, так и красными воинскими формированиями. Выступление было окончательно подавлено уже в ноябре 1918 года.
Ожесточенное противостояние проявлялось даже в том, что представители советской власти отказывались выдавать тела погибших крестьянских повстанцев их родственникам. На это указывал краевед К.К. Озеров. Сохранилась весьма показательная переписка, которую вела Екатерина Паутова, просившая выдать ей для захоронения тела сына и зятя, убитых во время ликвидации восстания на станции Волга. Местные власти отказывали ей в этом. Тогда крестьянка решила обратиться в Москву. Она писала: