Опять же остается открытым вопрос о том, почему убили Закгейма: потому что он был советским служащим или по причине того, что он был «евреем, присланным из Петрограда». Советская историография охотно поддерживала юдофобскую версию. По этому поводу в «Красной книге ВЧК» говорилось: «Труп убитого товарища они выволокли на улицу и выбросили у ворот. Труп его в течение нескольких дней валялся на улице и служил предметом посмешища и издевательства проходивших хулиганов и черносотенцев. Сытые, толстопузые буржуи, маклаки с толкучего рынка, отставные штаб- и обер-офицеры и ярославские кацауровцы, черносотенцы, проходя мимо, останавливались и злобно издевались над бездыханным трупом, плевали в лицо и, пользуясь еврейским происхождением товарища, ругали жидов и открыто призывали к погромам». Многие свидетели на допросах отмечали антисемитский характер расправы с ярославскими руководителями. Например, один из служащих фабрики Гроссмана сообщил, что узнал об этой расправе от рабочих, когда шел на фабрику. Они сообщили следующими словами: «Там режут жидов и убили жида Закгейма». При этом сам Перхуров категорически отрицал саму возможность надругательства над трупом. Однако некоторые очевидцы говорили о совершенно обратном. Тела убитых не были сразу же захоронены, а действительно подвергались глумлению. Свидетели И. Орлов, Д. Пестов, И. Хрусталев показали: «По дороге в центр города мы увидели собравшуюся толпу людей и, заинтересовавшись, подошли и увидели страшное зрелище: валялся труп с размозженным черепом, лицо обагрено кровью до неузнаваемости. Пробившись вперед, мы узнали, что это труп председателя исполкома».
Не меньше вопросов возникает в связи с расстрелом комиссара Нахимсона. Тут приходится полагаться только лишь на советские версии, которые не допускают разночтений. «По рассказам товарищей, бывших очевидцами гнусного убийства военно-окружного комиссара Нахимсона, товарищ Нахимсон был захвачен белогвардейцами в номере гостиницы „Бристоль“, где он жил, и препровожден совместно с другими арестованными в 1-й участок милиции, в каземат. Сюда спустя некоторое время явился здоровый курчавый парень в белой рубахе, с открытым воротом и засученными рукавами (по показанию некоторых товарищей, сыщик Греков) и спросил Закгейма и Нахимсона, не зная, очевидно, что первый уже убит. Товарищ Нахимсон назвал себя. „Ступай за мной!“ – крикнул этот тип и повел товарища Нахимсона во двор 1-го участка. Здесь уже ожидали несколько вооруженных белогвардейцев, один из которых, толстый офицер, крикнул: „Сбрось пиджак“. Товарищ Нахимсон скинул пиджак и швырнул его в сторону командовавшего белогвардейца. „Пли!“ – скомандовал последний, и товарищ Нахимсон упал, пронзенный разрывными пулями. Толстый офицер подошел к умирающему товарищу и выпустил в него из браунинга еще две пули. Затем убитого положили на извозчика и возили по Ильинской площади и прилегающим улицам для обозрения и удовольствия всей белогвардейской своры»