Постоянные изменения и новые требования к проекту, приходившие из Петербурга, осложняли работу, раздражали Баженова и его помощников мелочными придирками и противоречиями.
Основная идея, которую Баженов положил в основу своего проекта, была следующая: Кремль - центр Москвы, а Москва - сердце России. Здесь собрано все самое дорогое для русского народа. Новый дворец должен воплотить славу новой России, преобразованной гением Петра. Дворец должен стать своего рода Акрополем русской столицы. В этом величественном здании отдельные художественные приемы древнерусского зодчества должны перекликаться с новыми, проникнутыми великими идеями, взращенными русским народом, а эти идеи - слава и величие народа, его трудов и военных подвигов, столь ярко проявившихся за последнее время.
Для воплощения своего великого замысла Баженов привлек формы античной классики с ее ордерами. Именно ордера - дорический, ионический, коринфский - со всеми их деталями более чем какие-либо другие архитектурные приемы связывали огромное здание с масштабом фигуры человека, служили основой соразмерности и гармонии. Помимо этого в классических формах и приемах художники видели выражение гармонического отношения отдельного человека и общества, воплощение "естественной закономерности природы", которая столь ценилась передовыми людьми того времени. Тот же И. Урванов ценил античное искусство за совершеннейшую красоту его природы "... наиприятнейшую своею простотою... впрочем, твердую и бодрую, в коей жизненные соки изобилуют". Именно этому принципу всецело отвечал проект Баженова.
Вместе с Казаковым Баженов внимательно изучал веками сложившееся расположение зданий Кремля. Он решил использовать в своем произведении отдельные принципы старой архитектурной композиции дворцовых зданий Кремля. В сторону Москвы-реки выходили своими фасадами древний дворец и приказы Кремля. Баженов решил сохранить этот планировочный прием. Фасад главного корпуса будущего дворца должен был быть обращен к Москве-реке. Река отразила бы в своих водах колоннады его портиков, как бы удвоила, усилила мощь величественного фасада дворца.
Главный корпус был запроектирован длиною в 600 с лишним метров. Его центральная часть слегка выдвигалась вперед. Влево от нее, если смотреть от реки, размещалось здание коллегий. По форме своей оно соответствовало петровскому арсеналу, расположенному за Троицкой башней. Между арсеналом и зданием коллегий должна была образоваться ромбовидная площадь, над которой возвышалась бы Троицкая башня. Справа же от центра была задумана огромная овальная центральная площадь, охваченная, как древнеримские форумы