В последние годы своей жизни Стрельцов вел в основном домашний образ жизни: большую часть времени проводил с женой и сыном. Иногда играл в футбол за команду ветеранов. Один такой матч состоялся в 30 километрах от Чернобыля, сразу после аварии в апреле 1985 года. Как вспоминают очевидцы, футболист Андрей Якубик сразу после матча принялся тщательно мыть свои бутсы, опасаясь радиации, на что Стрельцов ему заметил: "Этим, Андрей, теперь уже не спасешься...
После этого Стрельцов прожил еще пять лет. Весной 1990 года ему вдруг стало плохо, и его увезли в онкологический центр на Каширском шоссе. Именно там его застала весть о смерти его товарища - Льва Яшина. Побывав на его похоронах, Стрельцов сказал своим близким: "Теперь моя очередь". Он знал, что говорил. Врачи обнаружили у него рак легких. Но, зная диагноз, догадываясь, что жить ему осталось немного, Стрельцов никому из близких не показывал, что боится смерти. Более того, он всем сообщил, что 21 июля, в день своего рождения, обязательно будет дома. Однако именно в тот день ему стало плохо. Наступила клиническая смерть. Врачам все-таки удалось вернуть его к жизни, но утренние газеты уже успели сообщить, что "выдающийся футболист Эдуард Стрельцов скончался". А он в то время был еще жив. 22 июля в 3 часа дня у него случилась еще одна клиническая смерть. И вновь его удалось спасти. Но глубокой ночью того же дня смерть пришла за ним окончательно.
Похоронили Эдуарда Стрельцова на Ваганьковском кладбище.
Р. S. В середине июля 1997 года мэр Москвы Ю. Лужков распорядился принять предложение московской Федерации футбола об утверждении одиннадцати ежегодных премий имени Эдуарда Стрельцова в размере 6 миллионов рублей каждая. Премии будут присуждаться ежегодно москвичам-ветеранам, внесшим значительный вклад в достижение и развитие отечественного футбола.