Все его владения официально переходили под юрисдикцию Короны. Последний магистр ордена Кетлер признал себя вассалом Сигизмунда II Августа и получил в ленное владение Курляндское и Земгальское герцогства. Архиепископ Вильгельм и коадъютор ордена были наделены небольшими землями для своего содержания, а их владения перешли к Сигизмунду.
К соглашению не примкнула Рига, объявившая себя независимой. В январе 1562 г. Радзивилл вел тяжелые переговоры о подчинении города польской короне, завершившиеся безрезультатно, несмотря на специально подготовленную королевскую привилегию рижанам. Тогда 3 марта 1562 г. Кетлер официально сложил свою власть с Риги, а 5 марта Радзивилл принял присягу магистра, архиепископа и ливонских сановников. Эта дата и считается днем гибели Ливонского ордена. Собственно Ливонская война с участием армии Ливонского ордена была закончена. Орден погиб.
Конец — это начало чего-то: во что превратился Ливонский орден?[234]
На землях Ливонии в 1560–1562 гг. возникает несколько образований. Восток страны заняла Русская Ливония со столицей в Дерпте, переименованном в Юрьев Ливонский. Она просуществует до 1582 г., когда Россия по Ям-Запольскому перемирию уйдет из Прибалтики, проиграв войну Речи Посполитой. Тем не менее, русское владычество длилось здесь более 20 лет — время жизни целого поколения.
Север Ливонии с центром в Ревеле оказался в руках Швеции. Так было положено начало проникновению шведов на южный берег Финского залива. С этого шага начиналась знаменитая балтийская Шведская империя, достигшая пика своего могущества в XVII в., когда Балтийское море, по сути, станет внутренним «шведским озером». Швеция тогда включит в свой состав и Эстляндию, и Лифляндию (т. е. совр. Эстонию и Латвию), и Ингерманландию (восточное побережье Финского залива и бассейн Невы, которые до прихода шведов принадлежали России). В прибалтийских школьных учебниках XVII в. сегодня называют «золотым веком» в истории региона.
Дания получила остров Эзель (Сааремаа), часть владений в Вике и Курляндии. Правда, их судьба будет неблагополучной: герцог Магнус окажется в подданстве сначала у Ивана Грозного, потом изменит ему и перебежит к польскому королю Стефану Баторию. Прибалтийские владения для Дании в конце XVI — первой половине XVII в. были «чемоданом без ручки»: бросить жалко, а нести неудобно. Их потихоньку прибрали к рукам шведы, к 1645 г. Дания лишилась всех своих ливонских земель.
Великое княжество Литовское и Польская Корона в результате вступления в войну в 1561–1562 гг. контролировали центральную часть бывшей Ливонии, в основном города, отданные ему по I и II Виленским соглашениям. Позже, в 1566 г., на этих землях будет основано Герцогство Задвинское, подвластное Речи Посполитой (с 1569 г.). Время «польской Прибалтики» будет недолгим, в начале XVII в. поляков вытеснят шведы.