В западной части бывшей Ливонии было в 1561 г. образовано герцогство Курляндское и Семигальское, которое было отдано под власть бывшему последнему магистру Ливонского ордена Готтхарду Кетлеру и его потомкам. Курляндия была зависима от Великого княжества Литовского, потом от Речи Посполитой. Она осталась в некотором смысле анклавом Ливонского ордена в культурном отношении, островком былой жизни для примкнувшего к Кетлеру ливонского дворянства. Но эта связь скорее лелеялась и декларировалась, на практике же происходило постепенное перерождение нобилей.
Последний магистр Немецкого ордена в Ливонии Готтхард Кетлер оказался отчасти в таких внешнеполитических обстоятельствах, как и в свое время верховный магистр Пруссии Альбрехт Бранденбург-Ансбахский. Он также провел секуляризацию при непосредственном участии польской короны и также стал ее вассалом. Не исключено, что магистр в Ливонии секуляризовал орденские владения, поскольку механизм этого процесса, благодаря прусскому примеру, был уже отработан. Кроме похожих обстоятельств (в первом случае истечение срока перемирия с Польшей, во втором — конфликт с Россией), можно заметить и идентичную религиозную составляющую. В обоих случаях мы наблюдаем принятие протестантизма.
Показательны оценки первого историка Ливонской войны — немца Тильманна Бреденбаха, который собственно и дал войне это имя. Его труд «Historia belli Livonici» («История Ливонской войны») вышел тремя изданиями в Кельне, Антверпене и Лювене в 1564 г. Бреденбах считал, что главное содержание конфликта — это война католиков и протестантов, столкновения которых начались еще в 1556 г. А русские — это главным образом орудие Божьего гнева. Нашествием «московитов» Господь покарал Ливонию за грех протестантизма. Если бы ливонцы не изменили истинной вере — католицизму, ничего бы с ними не случилось и страна бы продолжала процветать. Вот что Всевышний делает с отступниками! Протестантские идеологи в долгу не остались и, напротив, во всех бедах обвинили католиков и орден, которые морально разложились и довели страну до гибели.
Сложно сказать, был ли выбор в пользу лютеранства сделан исключительно из политических устремлений. Конечно, механизм проведения секуляризации через отказ от католицизма приводил к разрушению идеологического фундамента духовно-рыцарской корпорации. Использование религиозной реформы в качестве инструмента ликвидации ордена как структуры понятно. Тем не менее, нельзя отрицать личных симпатий ливонского магистра к протестантизму. Еще занимая должность комтура Дюнабурга, Кетлер изъявлял желание открыть протестантскую школу, в которой изучались бы основы нового учения. С этой целью он отправил посланника к рижскому хаускомтуру Георгу фон Зиборгу, чтобы последний пригласил Давида Цитреуса из Ростока для основания протестантской школы или гимназии в Пернау. Кроме того, Кетлер во время предварительных переговоров в Вильно в 1559 г. о возможном принесении ленной присяги польскому королю отстаивал вопрос о сохранении протестантизма в качестве «принятой религии».