Другие близкие к замкам сооружения северных крестоносцев, которые нам известны, — это замки-церкви. Эти памятники ценны тем, что на их примере можно воочию представить, как продвигалось в Прибалтике христианство, что представляло собой крещение местных народов, как немецкие рыцари сумели закрепиться в регионе. Они проникали на территорию, заселенную местными языческими племенами. Селение язычников уничтожалось. Напротив него ставили замок или укрепленную каменную церковь. Расстояние между бывшим и новым центрами обычно составляло от 1–2 до нескольких километров.
Вместо разрушенного центра язычников ставился храм, который одновременно выполнял военные функции. Высокие каменные стены прорезались высоко расположенными узкими окнами, которые можно было использовать как бойницы. К церкви или пристраивали боевую башню, или таковой в критические мгновения становилась сама церковь. В краю полуземлянок, деревянных хижин и небольших дерево-земляных крепостей подобные массивные каменные здания в самом деле смотрелись внушительно и не оставляли сомнений, что немецкие рыцари стали новыми хозяевами земли эстов и латгалов.
Церкви-замки XIII в. сохранились на острове Сааремаа (Эзеле). Самой древней считается церковь Св. Мартина в Вальяле (вскоре после 1227 г.). Падение хилл-форта в Вальяле в 1227 г. считается победой крестоносцев над всем населением Саарамаа. Недаром в 1343 г. восставшие эсты сожгли ненавистное строение — символ их порабощения немцами. Церковь использовалась одновременно как храм и как фортификационное сооружение. Примечательно, что в кладке башни (в совр. виде башня, по предположению Р. Римши, перестроена в XVII в.) использованы могильные плиты с уничтоженных языческих могильников.
Другим примером укрепленной церкви на Сааремаа может служить церковь-замок Св. Марии в Пёйде. Здесь изначально был возведен замок с часовней, потом часовня была перестроена в церковь — самую большую на острове. В 1343 г. восставшие эсты восемь дней штурмовали замок и не смогли его взять. Рыцари согласились покинуть укрепления с условием, что их отпустят с оружием. Эсты разрешили выходить группами по 10 человек, с собой можно было взять оружие и вьючную лошадь. Но как только рыцари вышли в поле — их окружили и забили насмерть камнями. Весь гарнизон погиб.
Как укрепления церкви-замки имели очевидное ограничение по размерам. Для окончательного покорения края рыцари нуждались в полноценных замках-крепостях, сочетающих в себе функции укрепленного поселения и военно-административного центра. Храм не мог вместить в себя дом наместника, казармы для гарнизона, военно-складские помещения, судебные постройки и т. д. В XIV–XV вв. искусство возведения замков совершенствуется. Они становятся многобашенными, занимают значительную площадь, как небольшие, но настоящие города. Внутри замков находились храмы, дома для рыцарей, солдат гарнизона, местных наместников-правителей (фогтов и комтуров). Отдельную часть построек занимали складские помещения и здания для укрытия на случай осады, когда замок становился прибежищем для населения округи и соседних землевладельцев. Крепостные башни (в 2–5 этажей, крытые крышами) играли не только военную роль: в них размещались жилые помещения, часовни, трапезные, кладовые, арсеналы и т. д. В случае прорыва противника на стены двери башен затворялись, и они превращались в автономные очаги обороны.