С другой стороны, конфликтный уход Никона посеял немало надежд у тех, кто желал «старое благочестие взыскать, отложив новые затеи». Снизу начали осаждать царя просьбами отказаться от никоновских новин, против которых народная агитация не прекращалась. Распространялось немало анонимных посланий, известен даже случай, когда один юродивый бежал за царским экипажем, выкрикивая во всеуслышание: «Добро бы, самодержавный, на древнее благочестие вступить!» Эти массовые настроения находили некоторое сочувствие и в верхах. Хрестоматией пример видных боярынь, протестующих против церковных преобразований: Феодосьи Морозовой, её сестры княгини Евдокии Урусовой и жены стрелецкого полковника Марии Даниловой, являвшихся поклонницами мятежного Аввакума, снабжавшего их инструкциями по противодействию злу. Овдовевшая в 1662 году боярыня Морозова даже порвала все связи с высшим московским обществом, отдав свои средства на содержание большого приюта, где концентрировались приверженцы старой веры, изгнанные из различных монастырей. Сама же она с благотворительными целями ходила в простом рубище, став своеобразным «вождём» для части народа. Не удивительно, что замена старых текстов богослужебных книг новыми шла со скрипом, низшее духовенство её фактически саботировало.
Учитывая это сопротивление, Алексей сочетал твёрдость в достижении поставленных целей с осторожностью. Государь решил снизить накал страстей, сделав шаги навстречу главным критикам. Так, из ссылок были возвращены лидеры старообрядческой оппозиции Иван Неронов и Аввакум, чей голос пользовался авторитетом в народе. Заметим, Алексей благоразумно пытался примирить их с церковью, «забыв» про Никона, которого те осыпали исключительно проклятьями. В случае с Нероновым это удалось: тот пошёл на предложенные царём условия, но вот с Аввакумом всё оказалось сложнее. Он отказывался делать уступки, отвергнув даже дозволение в виде исключения служить по старым служебникам. Беседы с Симеоном Полоцким, присланным укротить мятежного протопопа, только подлили масла в огонь. Так, Аввакум вошёл в историю, на века став культовой фигурой для старообрядцев.
Развязка произошла на так называемом Большом соборе 1666–1667 годов, созванном по инициативе Алексея, чтобы подтвердить необратимость курса. Для соответствующего веса на него приглашались восточные патриархи: в Москве рассчитывали на приезд константинопольского и иерусалимского. Но те уклонились от визита, и пришлось довольствоваться малым — александрийским и тем же антиохийским патриархом Макарием, поучаствовавшим в российских церковных делах ещё при Никоне. Правда, к моменту прибытия церковный статус обоих нуждался в прояснении из-за каких-то внутривосточных церковных коллизий, что впоследствии породило версию об их неправомочности утверждать что-либо. Отличительной чертой данного собора стало активное участие в нём греческих представителей, чьему мнению придавалось подчёркнуто решающее значение. Помимо приезжих патриархов, серьёзную роль играли «местные» греки: Паисий Лигарид и архимандрит афонского Иверского монастыря Дионисий, проживавшие в Москве. Все они оказали неоценимую помощь Алексею и его украинской команде в дискредитации старого обряда.