Репутация Никона среди многочисленной братии, мягко говоря, оставляла желать лучшего, а потому неприятие преобразований, провозглашённых под его эгидой, легло на хорошо подготовленную почву. Было решено проигнорировать московские указания, ничего не изменяя в богослужебной практике. Кроме того, монастырь вскоре посетил Иван Неронов, превратившийся в одного из главных оппонентов церковной реформы: ему устроили торжественную встречу, что не осталось незамеченным в столице. Первые новопечатные книги (служебники, скрижали и другие) доставили на Соловки лишь к 1657 году, но там наотрез отказались их использовать. Последовавшее вскоре удаление Никона восприняли как хороший знак, тем более что власти решили действовать осмотрительно и не оказывать прямого давления на монастырь. Был выбран другой путь: в это время скончался прежний настоятель обители, и на его место утвердили избранного братией архимандрита Варфоломея. Перед ним и поставили задачу аккуратно, постепенно перейти на исправленные книги. Варфоломей взялся это реализовывать, чем быстро нажил немало врагов; тем не менее он сумел сколотить небольшую так называемую промосковскую партию, изъявлявшую готовность развернуться в сторону новых обрядов. Время до Большого собора 1666–1667 годов протекло в позиционной борьбе между враждовавшими группами.
Подчеркнём: противники реформы в монастыре питали надежды, что предстоящий собор может отменить ненавистные никоновские новины. Отправившегося туда настоятеля снабдили соответствующей челобитной, где обстоятельно изложили все доводы в пользу старой практики. Причём Варфоломей, отправляясь в путь, «забыл» взять послание, и его нагнали с ним уже у Вологды. Однако тот, проявляя осторожность, не торопился оглашать петицию в Москве. И как выяснилось, не напрасно: собор планировал устроить судилище старообрядчеству с целым букетом обвинений и проклятий. Вовремя сориентировавшись, Варфоломей предъявил челобитную уже как улику против оппозиции в Соловках. Но там тоже не дремали и доставили ещё одно заявление с целью дискредитировать перед центральными властями самого архимандрита. В Москве постановили разобраться в этой ссоре на месте и направили в монастырь специальную комиссию, которая уяснила, что сама собой ситуация не уляжется. Сводить всё только к личностной неприязни основных действующих лиц, как это делали ранее, было признано ошибкой. Смена настоятеля и удаление его противников ровным счётом ничего не давала: конфликт отражал глубинные противоречия в оценке самой реформы. К середине 1667 года все осознали, что открытого противостояния избежать не удастся.