В том году это было не единственное происшествие в семье Черкасовых. Летом у них умерла новорожденная дочь. В начале 1941 года они повторили попытку завести ребенка, и на этот раз их ждала удача - на свет появился мальчик, которого назвали Андреем. А затем началась война, которая отняла у них старшую дочь: в 1942 году она погибла в ленинградскую блокаду вместе с дедушкой - тестем Николая Черкасова.
В первые месяцы войны Черкасов попал в числе других эвакуированных жителей Ленинграда в Новосибирск. Там он создал концертную бригаду из артистов Театра имени А. С. Пушкина и отправился с гастролями на корабли Балтийского флота. В апреле 1943 года актера вызвали в Алма-Ату для съемок в фильме "Иван Грозный" (режиссер С. Эйзенштейн). 28 октября 1944 года состоялся просмотр первой серии фильма на большом художественном совете. Картину посмотрел Сталин и остался доволен ею. 20 января 1945 года в московском кинотеатре "Ударник" состоялась широкая премьера фильма.
На волне этого успеха съемочный коллектив приступил к работе над второй серией картины. Однако судьба этой части фильма оказалась печальной. Еще в процессе работы над ней у Черкасова и Эйзенштейна появились существенные разногласия. По мнению актера, во второй части Иван Грозный начал превращаться в человека нерешительного, слабохарактерного, безвольного. Такое же мнение выразил по этому поводу и Сталин, который 25 февраля 1947 года принял в Кремле Эйзенштейна и Черкасова. Эта беседа протекала в форме дружественной критики, однако на судьбе картины это отразилось плачевно: фильм положили на полку, где он пролежал 11 лет.
На следующий день после беседы в Кремле Николаю Черкасову было присвоено звание народного артиста СССР. А С. Эйзенштейн оказался не у дел и ровно через год скончался.
Весной 1946 года состоялась первая заграничная поездка Черкасова - в составе делегации деятелей советской кинематографии он вылетел в Чехословакию на фестиваль советских фильмов. Через несколько месяцев после этого судьба вновь забросила его в эту страну: режиссер Григорий Александров предложил актеру одну из главных ролей в своем новом фильме "Весна", съемки которого должны были проходить в Чехословакии. Именно во время этих съемок актер едва не погиб. В тот роковой день он сидел за рулем автомобиля, в котором, кроме него, находились еще двое: Любовь Орлова и Григорий Александров. На одном из поворотов машину занесло, и она врезалась в дерево. В результате Александров сломал ключицу, Черкасову выбило несколько зубов и сильно повредило лицо. И только сидевшая на заднем сиденье Орлова практически не пострадала. Именно из-за этой аварии Черкасову пришлось отказаться от главной роли доктора Петрова в фильме "Во имя жизни" и сняться в эпизоде - в роли старого сторожа Лукича.