Самая большая, хотя и самая непредсказуемая угроза для посёлка Пирамида — это наводнение. Почти весь посёлок построен на сыпучей почве в разветвлении нескольких горных потоков — самого большого, сбегающего с находящегоя поблизости ледника Бертил, и трёх-четырёх поменьше, стекающих по склонам горы Пирамида.
Что касается потока Бертил, то главная опасность его в неожиданной разрушительной силе самой воды, особенно весной в пик таянья снегов, или после сильных дождей летом и осенью. Раньше Поток Бертил останавливался системой насыпных дамб, отводивших поток в сторону от посёлка. Оказавшись без ремонта по крайней мере с 1997 г., эти дамбы почти полностью размылись водой. Летом 2002 г. поток Бертил изменил направление своего течения, оказавшись теперь в нескольких метрах от окружающей посёлок дороги, добираясь ко дворцу культуры, прорвавшись через дорогу долины Миммер и, следуя вдоль окружной дороги вокруг посёлка Пирамида, пробивает себе путь в основании дороги у здания больницы и течёт дальше через участок бывшего животноводческого и тепличного комплекса и район складских помещений, начав размывать дорогу через дельту долины Миммер. Поскольку маленький мостик там не был рассчитан на мощные потоки с ледника Бертил, то теперь вода идёт прямо через участок складов с горючим, что вызывает риск загрязнения окружающей среды. Лишь остатки небольшой насыпной дамбы продолжают отделять поток с ледника Бертил от дворца культуры — если поток изменит своё направление в эту сторону во время таяния снегов или сильных дождей, то в считанные часы он начнёт беспрепятственное разрушение сверху самого центра посёлка Пирамида.
В период жизни посёлка Пирамида система искусственных дренажных канав успешно осуществляла дренаж поверхностных вод склонов горы, сокращая тем самым риск наводнений, а несколько насыпных дамб направляли массы воды в сторону от важных для жизни объектов. Теперь эти защитные сооружения почти полностью разрушены. Сегодня посёлок Пирамида практически не защищён от наводнений, которые в любое время тёплой погоды могут уничтожить то, что создавалось поколениями строителей Пирамиды. Иными словами, посёлок ожидает судьба Груманта, от которого сегодня можно увидеть лишь слабые напоминания бывшего хорошо структурированного посёлка.
Можно ли избежать его судьбы?
Вопрос сегодня стоит очень остро: каждый день задержки удорожает возможное восстановление посёлка Пирамида и ускоряет его окончательную гибель в случае отказа от какой-либо восстановительной деятельности.
Понятно, что трест «Арктикуголь», всецело занятый нерентабельной добычей угля и соответственно вопросами собственного выживания, не в состоянии без существенных государственных дотаций осуществлять поддержание в должном состоянии посёлка Пирамида, тем более что ему это вовсе не нужно. Тогда как с точки зрения государства Российского собственный участок Пирамида чрезвычайно важен, как в плане сохранения стратегически выгодного присутствия на архипелаге, так и в плане развития отечественной науки, для которой географическое расположение участка уникально и потеря его для России была бы практически ничем невосполнима.