Слезы и мольбы не помогли, не помогла любовь, которую опытный в духовной жизни подвижник оказал своему начинающему сподвижнику. Серапион взял необходимые припасы для пути и, простившись с преподобным Евфросином, ушел от него. Однако, Господь немедленно вразумил Серапиона и возвратил его в сожительство преподобного Евфросина. Близ места их подвигов протекал небольшой ручей, заросший кустарником. Преподобному Серапиону надо было перейти через него. И вот, рубя кустарник топором, чтобы проложить себе путь, он сильно рассек колено левой ноги. Нужда теперь заставила его вернуться к Евфросину и просить прощения. «Прости меня, отче, ради Бога, — говорил Серапион, — ибо согрешил я пред тобою уходом своим. И тут Господь явно наказал меня. Но святые молитвы твои снова привлекли меня к тебе. Теперь же не отойду я от тебя, пока не умру на этом святом месте».
Незлобиво и кротко принял раскаявшегося брата Евфросин и только заметил ему тихо: «О, брат! Это происходит от нашего маловерия». Затем утешил больного, простил его и скоро исцелил от раны.
С этого времени Серапион начал вести трудную жизнь пустынника, разделяя нужды, лишения и подвиги своего учителя, преподобного Евфросина. 55 лет подвизались они вместе, до самой кончины преподобного Серапиона, который умер раньше Евфросина.
В Толвской пустыне вырос большой монастырь, который подвижники устраивали общими трудами, в монастыре этом было много усердных подвижников. Но Серапион едва ли не был усерднее всех из братии преподобного Евфросина. На каждую монастырскую работу он приходил раньше всех и оставлял ее последним. Он помогал своему учителю в управлении братией и в устройстве монастыря.
Непрестанными трудами, воздержанием и добродетелями Серапион превосходил в обители всех братий, являясь для них образцом послушания и иноческих добродетелей. Когда кто-нибудь из иноков оскорблял его, незлобивый подвижник все претерпевал со смирением и сам же первый просил прощения у обидчика. «Прости меня, раб Божий, прости меня, грешного», — говорил он при этом.
Друг, сподвижник и ученик преподобного Евфросина, он ежедневно открывал учителю свои помыслы, как больной показывает врачу свои раны. Все уставы и иноческие правила, которые вводил Евфросин, твердо и строго соблюдал Серапион. Дорожа каждой свободной минутой, он уходил в свою келлию и предавался молитве, пению псалмов или чтению Божественного Писания. Случалось, что в монастырь приходили христолюбцы, городские благотворители, и после общей трапезы устраивалась беседа, в которой принимали участие вместе с преподобным Евфросином и остальные братия. Но Серапион, любя подвиг уединения и молчания, тотчас после трапезы уходил в свою келлию, самую худшую, самую темную в монастыре, в которой ничего не было кроме святых икон. Здесь он слезно молился о всех требующих Божией помощи и благотворителях святой обители. Изнуряя плоть свою, преподобный не довольствовался келейными подвигами, но часто по ночам выходил на болотные места или на источник к часовне и здесь, полуобнажившись, предавал плоть свою на съедение комарам и оводам.