Строго соблюдая устав своего учителя, данный Трехсвятительской обители, преподобный Серапион никогда не пропускал Божественной службы; ранее всех из братии приходил в храм и последним оставлял его. Особенно любил он молитву церковную и предпочитал ее келейной, преподобный говорил обыкновенно: «Двенадцать псалмов, пропетых в келлии, не могут равняться единожды пропетой в храме краткой молитве: «Господи, помилуй!».
Отрекшись от всех благ земных, изнуряя воздержанием плоть свою, преподобный Серапион не только никогда не принимал сладкой или вкусной пищи, но и скудную пищу употреблял лишь в той мере, сколько требовалось ее для поддержания жизни. Одеждой подвижника было ветхое, разодранное рубище, едва прикрывавшее его наготу. И до тех пор носил он это рубище, пока оно, совершенно истлевши, не спадало с его плеч. Чтобы не видеть своего тела, святой никогда не обнажал его и не только не ходил в баню, но даже и не умывал водою лица и рук. В свою келлию преподобный никогда не допускал женщин, и если случалось где-нибудь встречаться с ними, он не смотрел на них, не разговаривал, старался скорее уйти, чтобы и мыслью не согрешить пред Богом. Так поступал он, в строгости исполняя предписания устава преподобного Евфросина.
От непрерывных подвигов и воздержания преподобный однажды тяжело заболел и целых 12 дней находился между жизнью и смертью. Но от тяжелых страданий чудесно его избавил явившийся ему преподобный Онуфрий (память 12/25 июня), во имя которого был устроен придел в монастырском храме. «Я пришел к тебе, чадо, на помощь, чтобы ты еще более утвердился в подвигах и делах Божиих», — сказал явившийся чудотворец наделенному.
После чудесного избавления от болезни преподобный Серапион еще с большим рвением стал подвизаться в молитве, воздержании и борьбе с греховной плотью.
Ради великих подвигов своих преподобный еще при жизни удостоился от Господа дара прозрения и чудотворений. Однажды, незадолго до своей кончины, в 1479 году, во время церковной службы Серапион с громким плачем и рыданиями молился перед чудотворным образом Божией Матери. Удивленные братия по окончании службы спросили преподобного: «Отче, о чем ты так горько плакал пред иконой Пречистой Богоматери?» Он отвечал: «О душе моей, не уготованной к исходу от тела, и о том еще, что в годину моей кончины сильный враг из Ливонии (немцы) с многочисленной ратью подступит к Пскову». И потом в утешение братии прибавил: «Молитесь и уповайте на милость Божию! Господь святых ради молитв Пречистой Своей Матери и Псковских чудотворцев умилосердится над градом благоверной княгини Ольги и сохранит его, а святая обитель эта неприкосновенна будет».