Пророчество преподобного сбылось. Со стотысячной ратью, как раз в год кончины преподобного, к Пскову подступили немцы и хотели взять его. Но псковичи, воодушевленные чудесным явлением святого князя Довмонта († 1299; память 20 мая/2 июня), разбили их, и город остался цел.
Несколько ранее, в 1476 году, один латыш-крестьянин, по имени Отто, или Антоний, у которого сильно и долго болели от гнойной раны ноги, был привезен родственниками в Спасо-Елеазаровскую обитель. Увидев преподобного Серапиона, выходящего из церкви, больной попросил у него исцеления. Но святой молча прошел в свою келлию. Веруя в силу преподобного, Антоний взял снег от его следов, стал примачивать им свои раны и тотчас же почувствовал облегчение от болезни. Когда Антоний явился благодарить святого за чудесное исцеление от раны, подвижник смиренно сказал ему: «Чадо, Бог исцелил тебя за святые молитвы Пречистой Своей Матери, а не я грешный».
8 сентября 1480 года после непродолжительной болезни преподобный Серапион скончался на 90-м году своей жизни и был погребен своим учителем преподобным Евфросином. От подвигов воздержания и тяжких трудов тело преподобного представляло из себя одни кости и кожу. Ветхое рубище и власяницу подвижника после смерти его никто не хотел взять себе. Не только братия, но даже и нищие не дотронулись до этих одежд, когда они были оставлены за монастырской оградой.
И после кончины своей, как и при жизни, преподобный Серапион по воле Божией совершил много чудес, являясь скорым помощником и врачом недугов телесных и душевных для притекающих к нему с верою больных и скорбящих.
Один псковский мальчик Павел совершенно ослеп. Однажды его родители в день памяти преподобного Серапиона привели мальчика в монастырскую церковь. За службой больной задремал и увидел, что какой-то благообразный старец, — это был преподобный Серапион, — коснулся его очей своей рукой. Павел тотчас получил исцеление и, проснувшись от этого прикосновения, стал видеть.
Одна женщина из Ивангорода, по имени Мелания, не любимая своим мужем, часто терпела от него побои. Несчастная женщина хотела покончить жизнь самоубийством. В отчаянии она готова была броситься в прорубь, как вдруг явился преподобному Серапион и удержал ее за руку с такими словами: «Зачем ты хочешь погубить жизнь свою? Молись преподобному Серапиону Толвскому и иди в свой дом с радостью. Отселе муж будет любить тебя, а ты не ропщи на него и не бранись с ним». Так случилось все по словам преподобного.
Больным лихорадкой, параличом и другим недужным преподобный Серапион по молитве их подавал чудесную помощь.