6 июня 1911 года начальник Генерального штаба Я. Г. Жилинский, военный министр В. А. Сухомлинов утвердили «Положение о контрразведывательных отделениях», «Инструкцию начальникам контрразведывательных отделений», ведомость расходов и ряд других необходимых документов.
«Положение о контрразведывательных отделениях» предусматривало полное их подчинение штабам военных округов. Возглавляли контрразведывательные отделения жандармские офицеры. Они обязаны были представлять свои доклады и «соображения» генерал-квартирмейстеру ГУГШ и окружным генерал-квартирмейстерам через Особое делопроизводство ГУГШ или старших адъютантов окружных штабов. Начальники отделений непосредственно подчинялись генерал-квартирмейстерам тех штабов, при которых были созданы данные отделения. В то же время они оставались в рядах Корпуса жандармов и числились в командировке.
Жалование по чину, квартирные деньги и суммы «на найм прислуги» они должны были получать в ближайшем жандармском управлении. Подобная двойственность положения начальников отделений позволяла им в будущем держаться на значительном удалении как от своего жандармского, так и от военного руководства. Помощниками начальников отделений могли стать строевые офицеры по назначению окружных штабов и жандармы. Всех прочих сотрудников: чиновников, переводчиков, наблюдательных агентов – начальники отделений принимали на службу и увольняли по своему усмотрению.
Координирующим центром всей контрразведки империи становилось Особое делопроизводство отдела генерал-квартирмейстера ГУГШ. Там сосредотачивалась вся переписка с отделениями по вопросам борьбы со шпионажем. Фактически возникал центр регистрирующий, но не было центра, руководящего контрразведкой империи. Начальники отделений на практике получили почти полную независимость от ГУГШ и, в силу специфики своей работы, от непосредственных начальников штабов генерал-квартирмейстеров штабов военных округов.
В 1911 году перед контрразведкой были поставлены более сложные задачи, нежели тремя годами раньше. Если тогда все планируемые мероприятия сводились лишь к борьбе со шпионажем, то «Положение о контрразведывательных отделениях» 1911 г. добавило еще одну обязанность: «воспрепятствование тем мерам иностранных государств, кои могут вредить интересам обороны государства». В соответствии с этими двумя главными задачами, «Инструкция начальникам контрразведывательных отделений» делилась на 2 части. Часть «А» была озаглавлена как «Борьба с военным шпионством», часть «Б» – «Борьба с прочими видами деятельности иностранных государств в России, угрожающих военной безопасности империи».