В соответствии с арабской традицией наказание за измену было четко определено: мужчины должны быть убиты, женщины и дети – проданы в рабство, а их имущество подлежало разделению как добыча. В Медине все предполагали, что именно эта участь и постигнет Бану Кайнука, поэтому они были потрясены, когда Мухаммад отверг традиционный закон и решил вместо этого изгнать клан из Медины. Более того, он пошел дальше, разрешив им взять с собой большую часть своего имущества. Со стороны Мухаммада это было великодушное решение, во многом навязанное ему союзниками в Медине, которые не хотели, чтобы кровь клиентов осталась на их руках. Но через год, после гибельного поражения его самоуверенной армии при Ухуде он был вынужден вновь принять подобное решение.
Исход битвы при Ухуде морально сломил умму. Что еще более важно, она, как казалось, подтвердила ожидания еврейских кланов Медины относительно того, что победа курайшитов над Мухаммадом – лишь вопрос времени. Бану Надир и Бану Курайза, два господствующих еврейских клана, оставшихся в оазисе, были особенно рады исходу битвы при Ухуде. Клан Бану Надир, шейх которого тайно встречался с лидером курайшитов Абу Суфьяном, задумал извлечь выгоду из слабости Мухаммада и убить его. Но, еще не оправившись от ран, Мухаммад прознал об этом и, как только расквитался с Кайнука, стремительно собрал оставшиеся силы своей разбитой армии, чтобы начать осаду крепости Надир. Когда клан обратился к своим собратьям-евреям за помощью, шейх Бану Курайза Кааб ибн Асад дал четко понять, что они должны рассчитывать только на себя. Получив такой ответ, Бану Надир ничего не оставалось, кроме как сдаться Мухаммаду, но только с тем условием, что им будет предоставлена такая же возможность, как и Бану Кайнука, сложить свое оружие и покинуть Медину мирно. Вновь, к огромному недовольству своих последователей, многие из которых были серьезно ранены в ходе битвы, Мухаммад согласился. Бану Надир покинул Медину и отправился в Хайбар, взяв с собой все свое богатство и имущество.
После битвы при Ухуде столкновения между Меккой и Мединой продолжались еще два года. Это были кровавые времена, сопровождавшиеся секретными переговорами, тайными убийствами и ужасными актами насилия с обеих сторон. Наконец в 627 г. курайшиты, уставшие от продолжающегося конфликта, сформировали огромную коалицию из числа бедуинов и направились к Медине, надеясь положить конец затяжной войне. В этот раз, однако, Мухаммад решил дождаться того момента, когда курайшиты сами придут к нему. Следуя новой военной тактике, которая столетия спустя будет взята на вооружение, он поручил своим последователям вырыть траншею вокруг Медины, изнутри которой он мог защищать оазис неограниченное количество времени. После почти месяца попыток преодолеть эту искусную траншейную защиту курайшиты и их большая бедуинская коалиция сдались и вернулись домой, измученные и опустошенные.