С первых дней врачебной практики отец Сергий следовал незыблемым принципам, в основу которых легла заповедь о любви к ближнему. Он откровенно признается в том, что без соблюдения этой заповеди невозможно стать настоящим врачом. Но соблюсти ее трудно. Помимо профессиональных проблем врачу нередко приходится сталкиваться с грубостью, неблагодарностью, недоверием, а иногда и откровенной ненавистью. Порою приходится напрячь все душевные силы, чтобы разглядеть в ненавидящем тебя человеке образ Божий и возлюбить его. Молодой военный врач Сергей Филимонов служил на флоте, а когда горе-реформаторы принялись разваливать армию, стал гражданским врачом. Он не мог и представить себе, какие жестокие бои ему придется выдержать.
Военным врачом он был в мирное время, а как только «вступил на капитанский мостик корабля спасения», христоненавистники объявили ему настоящую войну. Бесовские «торпедные атаки» продолжались много лет, пока он служил литургии в больницах, а особенно, когда приступил к строительству храма в честь Державной иконы Божией Матери. Теперь, когда домовые церкви есть почти в каждой больнице, трудно представить, с чем пришлось столкнуться первопроходцам. После векового официального безбожия больничное начальство искренне не понимало, для чего нужна церковь. Но даже когда отцу Сергию удавалось уговорить начальство выделить помещение и наладить в нем регулярное богослужение, возникали проблемы. В одной из больниц ему предоставили проходную комнату над моргом. Сверху были палаты с больными, снизу — ушедшие в мир иной. Иногда во время службы через домовую церковь проезжала каталка с трупом. А в другой больнице в конце литургии при выносе Святой Чаши и окроплении святой водой в коридоре стали дико кричать и метаться пациенты. Врачи не знали, как их успокоить. То, что это беснование, они, в силу атеистического воспитания, не могли понять. Отца Сергия обвинили в том, что своими «религиозными действиями» он нарушает спокойствие больных. Церковь была закрыта.
Священником он решил стать после прочтения книги об архиепископе Крымском Луке (Войно-Ясенецком). Но решил далеко не сразу. Подвиг этого святого врача произвел на него неизгладимое впечатление. Он понял, что быть только врачом для него уже недостаточно. Хотя и работал он в нескольких клиниках, что называется, на износ. Книгу об архиепископе Луке дал ему духовник, отец Василий Лесняк. Он же предельно деликатно стал помогать Сергею взрастить в собственном сердце сокровенное желание послужить Богу в качестве священника. Во всем, что стало происходить в его жизни с момента воцерковления, просматривалась очевидная помощь Божия. Прежде всего, в том, как Господь бережно передавал его с рук на руки духовникам.