Костные ганоиды Holostei с двумя современными отрядами – панцирникообразные Lepisosteiformes и амии Amiiformes – отличаются костным скелетом, телами позвонков без хорды, почти-почти симметричным – почти гомоцеркальным, но все же гетероцеркальным – хвостовым плавником и ячеистым плавательным пузырем, который может работать в качестве легкого; в кишечнике есть остатки спирального клапана. У панцирных щук чешуя ганоидная, у амий – циклоидная.
Костистые рыбы Teleostei включают самых обычных нормальных рыб, ныне захвативших всю планету. Весь их скелет окостеневший, есть тела позвонков, хорда во взрослом виде распадается на малозначимые сегменты; чешуя эласмоидная – костная с годичными полукольцами, причем чешуйки налегают друг на друга; хвостовой плавник обычно симметричный гомоцеркальный, а спиральног о клапана нет.
Лопастеперые, или мясистолопастные Sarcopterygii, с одной стороны, крайне примитивны – у них костная ткань есть только в черепе, и то не во всех частях, да еще в цилиндрическом полом шипе над хрящевыми позвоночными дугами (что и дало название группе целакантов – «полошипые»), а остальной скелет хрящевой, тел позвонков нет, а хорда сохраняется всю жизнь; спинной мозг окружен специфической соединительнотканной трубкой. Особая фишка лопастеперых – подразделение черепной коробки на две части – впереди от хорды и над передней частью хорды; эти две части соединены суставом и двигаются относительно друг друга с помощью специальной мышцы. Смысл конструкции – опускание передней части черепа для сильнейшего укуса – ведь добычей были панцирные рыбы. Первые лопастеперые имели небольшие глаза, крупные обонятельные полости и развитую электрочувствительность, что явно указывает на жизнь либо в глубине, либо в мутной воде; опять же – охотиться приходилось на придонных панцирных рыб, прятавшихся в иле. Как ясно из названия, плавники имеют толстое мясистое основание, служащее для хождения по дну. Как у всех примитивных рыб, кишечник лопастеперых оборудован спиральным клапаном. С другой стороны, эти рыбы являются нашими ближайшими родственниками: у них развились легкие и хоаны – задние носовые отверстия, а плавники могут быть приспособлены для ползания по суше. Чешуя лопастеперых исходно космоидная – с костной основой и покрытием из дентиновых зубчиков со специальным веществом космином, причем растет всю жизнь; космин был пронизан нервными волокнами и служил специфическим органом чувств. Лопастеперые надежно делятся на две большие группы, часто получающие ранг классов или даже групп классов – кистеперых и двоякодышащих.