На этот раз Толстой не стал делить себя между двумя автобиографическими героями. Вместо этого один персонаж постепенно превращается в другого. Богатый, преуспевающий и уверенный в себе Нехлюдов перерождается в человека, подверженного мучительным сомнениям и одержимого жаждой самосовершенствования. Прочтя первый набросок романа, Страхов предположил, что Толстой описал духовное возрождение Черткова: эта гипотеза выглядит особенно проницательной, если вспомнить, что обращение Черткова служило для Толстого идеализированным образом его собственного духовного поиска.
Первая редакция «Воскресения» была закончена в 1895 году и представляла собой довольно короткий рассказ, полностью посвященный истории соблазнения и раскаяния. История завершалась счастливо, герой соединялся с оставленной и забытой им возлюбленной, эмигрировал в Англию и становился крестьянином в сельской общине. Как и все другие черновые наброски Толстого, эта версия должна была быть глубоко переработана, но он не мог заставить себя приняться за редактуру. Его отвлекали другие дела, а кроме того, он опасался завершать сочинение, которое могло бы спровоцировать конфликт наподобие того, который произошел вокруг «Хозяина и работника». Но в 1897 году Толстой нашел хорошую причину для возобновления работы.
Из всех российских сект, чьи взгляды оказались созвучны учению Толстого, самыми радикальными были духоборы. Они отвергали официальную церковь, за что были сосланы Николаем I на Кавказ. В 1890-х годах один из их лидеров Петр Веригин познакомился на каторге с учением Толстого и был поражен сходством своей веры с тем, что проповедовал знаменитый граф. Он призвал своих последователей не брать оружия, отказываться от военной службы и не присягать Николаю II.
В результате некоторые духоборы были засечены до смерти, некоторые арестованы, многие изгнаны со своих скудных наделов и лишены способов выжить в суровом горном климате. Толстой и несколько человек из его окружения подписали воззвание в защиту духоборов. Сам Толстой вновь избежал каких-либо репрессий, но других подписантов арестовали. Чертков, благодаря своим связям в высших сферах, был выслан в Англию, двое других видных толстовцев, П. Бирюков и И. Трегубов, отправлены в ссылку.
Вмешательство Толстого привлекло к духоборам внимание мировой общественности, и правительство Канады выразило готовность принять их на своей территории. Переселение тысяч людей представляло собой очень дорогостоящее предприятие, поэтому Толстой решил временно поступиться своим принципом не брать деньги за публикации. Все его гонорары должны были пойти на помощь сектантам. Летом 1898 года он вернулся к «Воскресению».