Из Серпухова по дальним городам полетели грамоты о предстоящем восшествии самозванца на престол. Уже прибыли руководители приказов и иностранные дипломаты. Бояре устроили в честь «царевича Дмитрия» роскошный пир. Все говорило о том, что вопрос о его восшествии на престол уже решен, и дело лишь за условиями его соглашения с правящей верхушкой. Бояре же были готовы на все. Из усыпальницы в Архангельском соборе извлекли тело Бориса Годунова и выставили его на поругание. «И камение на нь метали, и ногами пхати тело его поверженное и на земле лежащее», — сообщает летопись. Однако самозванцу и этого было мало. Он объявил, что не приедет в Москву, «прежде чем не будут уничтожены те, кто его предал… Пусть уберут с дороги также и молодого Федора Борисовича с матерью». 8 июня в Москву с предписанием об уничтожении царской семьи прибыла особая комиссия под руководством боярина князя Василия Голицына. Приказ без промедления был выполнен. Палачи удавили царицу и ее сына. Дочери Годунова Ксении сохранили жизнь. (По некоторым сведениям, Лжедмитрий надругался над ней и несколько месяцев держал ее при себе, прежде чем отослать в монастырь.) Сразу после расправы князь Голицын объявил, что царская семья покончила с собой, но никто этому не поверил. Гробы с телами были выставлены на всеобщее обозрение, и тысячи москвичей своими глазами видели следы от веревок. Комиссия Голицына расправилась и с патриархом Иовом, до конца хранившим верность Годуновым. Его лишили сана и заточили в Успенский монастырь в Старице.
20 июня 1605 года Лжедмитрий I торжественно, под колокольный звон вступил в Москву. Народ ликовал. На Лобном месте самозванца встретили представители московского духовенства. После молебна Лжедмитрий, посетив Успенский и Архангельский соборы, занял престол в Тронном зале. Под окнами дворца стояли польские роты с развернутыми знаменами.
В тот же день Лжедмитрий сменил всю кремлевскую стражу, а на другой день велел созвать священный собор, чтобы выбрать новое церковное руководство. Патриархом стал выходец с Кипра Игнатий, архиепископ рязанский. Игнатий принял сторону самозванца еще в Путивле и теперь получил заслуженную награду. (Чтобы соблюсти видимость законности, собор вначале восстановил Иова в сане и тут же снова лишил его патриаршества).
Вслед за тем в измене был обвинен Василий Шуйский, расследовавший убийство царевича Дмитрия. Шуйского приговорили к смерти, но Боярская дума выторговала ему жизнь, и перед самой плахой его помиловали. Это стало первой существенной уступкой самозванца.