Переговоры позволили Шуйскому выиграть время и укрепить город. Осознав свою ошибку, сторонники «царя Дмитрия» в середине ноября предприняли штурм Замоскворечья, но он кончился неудачей. В тот же день на сторону Шуйского перешел Прокопий Ляпунов с большим отрядом. Вскоре его примеру последовал Истома Пашков. А 2 декабря войска Шуйского нанесли поражение повстанцам, захватили множество пленных и жестоко с ними расправились. Менялось в пользу правительства и положение вокруг Москвы. Здесь у сторонников «царя Дмитрия» не было твердой опоры, и промедление под Москвой работало против них. В декабре 1606 года войску Болотникова пришлось отойти на исходные рубежи — в Тулу и Калугу. Понимая, что все может кончиться провалом, Болотников требовал возвращения «царя Дмитрия» в Россию. Но это было решительно невозможно.
На какое-то время положение спас «царевич Петр Федорович» — казак Илейка Муромец, выдававший себя за сына Федора Иоанновича. Еще весной 1606 года он поднял восстание на Тереке и успешно громил войска Лжедмитрия. Он долго отказывался присоединиться к Болотникову и лишь в ноябре 1606 года явился с казачьим отрядом в Путивль. С «Петром Федоровичем» прибыли терские, волжские и донские казаки, а в начале 1607 года к нему присоединилось до 7 тысяч запорожцев. «Петр Федорович» учредил в Путивле все подобающие истинному государю учреждения — Боярскую думу и двор. Во главе своих отрядов он ставил знатных бояр. Вместе с тем с его появлением в Путивле начался террор. Это связано было не с особой жестокостью казаков или их ненавистью к знати, а с тем, что Болотников действовал только от имени царя и не имел права сам судить знатных пленников. Теперь же в Путивле был «государь», во власти которого было карать и миловать. Он даже раздавал поместья своим приближенным.
«Петр Федорович» предпочитал карать. В Путивле начались казни, напоминавшие времена опричнины. Возможно, в какой-то мере они стали ответом на расправу с пленными сторонниками Болотникова в Москве, но, скорее всего, знатных заключенных губила спесь. Кем бы ни был Лжедмитрий I, все же он казался им ровней. Но «Петр Федорович» был простолюдин, и многие даже под угрозой смерти отказывались присягать «мужику». «Петр Федорович» внес серьезный разлад в ряды сторонников «царя Дмитрия». Не удивительно, что к лету 1607 года многие северские дворяне оказались в рядах армии Шуйского.
Правительственные войска начали наступление на восставших зимой 1607 года, стремясь развить свой успех. Болотникова осадили под Калугой, а «Петр Федорович» укрепился в Туле. Лишь в мае «Петр Федорович» смог направить на помощь Болотникову отряд под командованием князя Телятевского. Господин помог своему беглому холопу. Тялетевский понес большие потери, но его атака позволила войскам Болотникова вырваться из блокады. Удар оказался неожиданным для правительственных частей, и они побежали. Повстанцам достались тяжелые орудия и склады. Василий Шуйский остался без армии, но и у его противников не было сил для наступления на Москву.