За два года войны со Швецией русские войска так и не смогли взять Ригу. Польша, военные действия против которой были приостановлены, собралась с силами и нарушила перемирие. Вести войну на два фронта Россия не могла. Предстоял выбор — выход к Балтике или Украина. Первое было необходимо с практической точки зрения, второе более соответствовало глубинным чаяниям русской души. В присоединении Украины видели лишь первый шаг к возвращению исконных славянских земель, к объединению всех православных народов под властью православного царя. Это не были только умозрительные построения — идея носилась в воздухе, и как только стало известно о переходе Украины под власть Москвы, подобные просьбы донеслись из Греции и с Балкан. Наконец, отказа от Украины царю не простили бы собственные подданные — ведь «принять гетмана Богдана Хмельницкого со всем войском запорожским, со всеми городами и землями под высокую государеву руку» приговорил Земский собор. России ничего не оставалось делать, как ввести войска на территорию «отсоединившейся» Украины…
Война затянулась. Выяснилось, что без поддержки казаков воеводам приходится трудно. К тому же в 1659 году к полякам и казакам присоединились татары. Совместными силами союзники разбили русские войска под Конотопом. На следующий год тяжелые поражения русские понесли в Белоруссии. К этому времени украинское казачество окончательно раскололось на сторонников Москвы и сторонников Польши. Украина была фактически потеряна. В России назревал острый финансовый кризис. В этих условиях в 1661 году Россия пошла на переговоры. Они продолжались очень долго, и лишь 30 января 1667 года в деревне Андрусово под Смоленском было заключено перемирие до июня 1680 года. Россия получила Смоленск и все земли к востоку от Днепра. На правобережье Днепра к России отошел только Киев.
В 1657 году, когда казалось, что патриарх Никон одержал окончательную победу, архимандрит Соловецкого монастыря собрал так называемый «черный» собор, который принял решение держаться старых книг и обрядов. Влиятельнейший Соловецкий монастырь сделался центром сопротивления церковной реформе. Почти тогда же противники Никона нашли более тонкий способ подорвать положение всесильного патриарха: они обвинили его не в новшествах, но в обычных злоупотреблениях, попрекая корыстолюбием и заносчивостью. Алексей Михайлович, который был зрелым мужчиной, а не юношей, увлеченным религиозными исканиями, уже и сам тяготился желанием Никона играть первую роль в государстве. 10 июля 1658 года царь повелел, чтобы Никон впредь не назывался «великим государем». Тот счел себя оскорбленным, объявил, что отказывается быть патриархом и удалился из Москвы. Однако патриарший сан он так и не сложил. Возможно, надеялся, что его призовут обратно. Но царь начал подыскивать ему замену. Из ссылки был даже возвращен в Москву непримиримый противник Никона и церковной реформы протопоп Аввакум. В 1660 году Алексей Михайлович созвал церковный собор, чтобы решить вопрос о патриархе, но иерархи так и не пришли к согласию. Церковь осталась без управления.