Пока царь выяснял отношения с патриархом, медные деньги, выпущенные в обращение несколькими годами раньше, стремительно теряли свою цену. Причин тому было несколько. Многие влиятельные лица, приближенные к Монетному двору, чеканили деньги из своей меди. Появились фальшивые монеты. Окончательно доверие к деньгам было подорвано, когда на Украине казаки отказались от жалования, выдаваемого медными деньгами. В июле 1662 года в Москве вспыхнул стихийный бунт. Он был подавлен со всей жестокостью — по некоторым сведениям, погибло около семи тысяч человек. Бунт подавили, однако уже на следующий год правительство отменило медные деньги и постаралось изъять их из обращения.
Затишье было недолгим. В 1663 году начался мятеж в Западной Сибири — былое Сибирское ханство попыталось восстановить свою государственность. Но самую большую силу народные восстания обрели после 1666 года, когда в Москве состоялся большой церковный собор. Никона обвинили в том, что он самовольно, без царского повеления, отрекся от патриаршества, и приговорили к заточению в Ферапонтовом монастыре. Однако Никон мог торжествовать — собор принял все его нововведения. Противников реформы прокляли и объявили еретиками, передав на суд светских властей. В соответствии с Соборным уложением 1649 года, вероотступников должны были карать самым жестоким образом — за хулу на Господа Бога полагался костер.
С этого момента чуть ли не все мятежи и бунты в стране приобрели религиозный оттенок. И если походы донского атамана Василия Уса под Тулу и Воронеж в 1666 году были всего лишь обычными казачьими рейдами, то в движении Степана Разина старообрядцев было уже предостаточно.
Разин начинал как удачливый разбойник. Его казачий отряд грабил проходящие по Волге суда. В 1668 году атаман с двухтысячным отрядом добрался до Каспийского моря и грабил побережье от Дербента до Баку. Далее он устремился к персидским берегам, уничтожил вместе с жителями два персидских города, а весной 1669 года начал разорять туркменское побережье. Персы оказали сопротивление, и разинцы вернулись к родным берегам. В Астрахани и на Дону их встречали с восторгом. Казаки делились награбленным, обещали золотые горы. Но на Каспий идти было теперь бесполезно, и зимой 1670 года Разин обратил свой взор на российские города. Весной его отряды захватили главные крепости в Нижнем Поволжье — Царицын и Астрахань. Это было не так уж сложно, поскольку стрельцы перешли на сторону казаков. В Астрахани сопротивление оказали лишь воевода, дворяне, приказные да наемники. Когда город был захвачен, казнили более 500 человек. К июлю разинцы действовали на огромной территории, вплоть до Саранска и Пензы. В октябре правительственные войска смогли остановить продвижение Разина под Симбирском. Атаман был ранен и ушел в низовья Волги. Без Разина правительство легко разделалось с разрозненными крестьянскими отрядами (хотя кое-где они продержались до 1675 года уже как обычные банды разбойников). В апреле 1671 года верхушка донского казачества сочла за лучшее захватить буйного атамана и выдать его властям. Астрахань, в которой укрепился атаман Василий Ус, царские войска взяли только в ноябре 1671 года. Казнены были десятки тысяч человек.