Восстание Разина не было единственным. Не меньшую опасность для правительства представляло восстание в Соловецком монастыре — так называемое «Соловецкое сидение». Оно началось в январе 1668 года и продолжалось в течение 8 лет. Вместе с монахами монастырь защищали беглые крестьяне, стрельцы, солдаты. Восставшие не искали выгоды. Они насмерть стояли за старую веру, не поддаваясь никаким уговорам. Правительство решило взять монахов измором, и стрельцы осадили монастырь. Но это ничего не изменило. Стрельцы несли службу не слишком ревностно, и ряды осажденных все время пополнялись их сторонниками. Подвозили в монастырь и припасы. К началу 1670-х годов Соловки стали настоящим символом сопротивления. Именно туда устремились уцелевшие участники движения Разина. Позиция монахов тоже претерпела изменения — она стала более радикальной. В 1673 году они приняли решение больше не молиться за государя. Правительство расценило это как вызов, и в январе 1676 года монастырь взяли штурмом. «Сидельцы» яростно сопротивлялись и были почти все перебиты.
Алексей Михайлович скончался 30 января 1676 года. Несмотря на неудачи его правления, он оставил страну на подъеме. Всякий раз его правительству удавалось отвести государство от опасной черты. Россия получила новое и всеобъемлющее законодательство — некоторые статьи Соборного уложения применялись до начала XIX века. Территория страны расширилась вплоть до Тихого океана, и в начале 1675 года первое русское посольство отправилось в Китай. Впервые за долгие годы Россия добилась успеха на западных рубежах. Победы над Польшей не кажутся великими, но после того унижения, которое испытала Россия в Смутное время, они производили огромное впечатление на современников. Наконец, в состав России вернулся Киев — символ древнерусской государственности. Вместе с тем к концу правления Алексея Михайловича русское общество было расколото — и не было никакой надежды на примирение.
Царь Алексей Михайлович умер скоропостижно, завещав престол своему старшему сыну Федору, которому было тогда 14 лет. Молодость и слабое здоровье не сразу позволили приступить к управлению страной этому образованному и решительному юноше.
Положение осложнялось тем, что Алексей Михайлович был женат дважды. От первого брака у него остались двое сыновей — Федор и хилый и почти слабоумный Иван. Претендовала на власть и их старшая сестра Софья, умная и властная женщина. От второй жены, Натальи Нарышкиной, у Алексея Михайловича остался трехлетний Петр и двухлетняя Наталья. Наличие нескольких потенциальных претендентов на престол самым серьезным образом повлияло на дальнейшую историю России.