Явных поборников старой веры среди стрельцов было немного. Другие просто задавались вопросом, почему власти возненавидели старые книги. Хотели писать челобитную, но не сумели ее составить. Искушенных в этом деле людей нашли среди посадских. Челобитная была написана, ее показали князю Хованскому, и тот поддержал затею. Старообрядцы, в том числе оказавшийся в Москве знаменитый суздальский священник Никита Пустосвят, потребовали диспута с патриархом по вопросам веры. После долгих проволочек в Грановитой палате состоялся диспут, но результата он не дал — каждая сторона осталась при своем мнении.
После диспута старообрядцы похвалялись на площади, что посрамили архиереев. Софья же заявила стрелецким выборным, что покинет Москву, если буйству раскольников не положат конец, и тогда вся вина за последствия будет на стрельцах. Стрельцы сознавали, что за пределами Москвы у них нет никакой опоры, и открестились от старой веры. Услышав такие речи, власти поспешили вознаградить стрелецких выборных, а рядовым выставили из царского винного погреба на десять человек по ушату. Это решило дело — стрельцы заявили, что за старую веру вступаться не будут и стали громить раскольников.
Но мятеж еще не был подавлен. Начальником стрельцов оставался князь Хованский, потакавший им во всем, и сместить его с должности, не вызвав очередной вспышки возмущения, было нельзя. Насилия в городе продолжались, и чем дальше, тем больше стрельцы опасались за свою судьбу. К концу лета выбор у них был невелик — или сдаться правительству на его условиях, или бунтовать до конца. Софья, опасаясь последнего, в августе 1682 года со всем царским семейством уехала из Москвы в Троице-Сергиев монастырь, приказав собраться там провинциальному дворянскому ополчению.
В день своих именин, 17 сентября, она объявила боярам, что князь Иван Хованский и его сын Андрей подстрекают стрельцов к убийству царской семьи, патриарха и многих знатных бояр. Немедленно было решено казнить Хованских.
Софья повелела всем боярам, думным людям, стряпчим и дворянам прибыть в село Воздвиженское к 18 сентября для встречи сына украинского гетмана. Поехали и Хованские. По дороге их захватили врасплох и, не слушая оправданий, казнили прямо на обочине. Стрельцы не встали на защиту своего начальника и были прощены. Новым их начальником был назначен суровый думный дьяк Федор Шакловитый, быстро покончивший с возмущением. Впрочем, стрельцы все же добились прибавки к жалованью.
Так началось семилетнее правление Софьи. Главой ее правительства стал начальник Посольского приказа князь Василий Голицын, проявивший себя еще в качестве советника царя Федора Алексеевича. Возвысился он, однако, не благодаря своим деловым качествам, а потому что Софья без памяти в него влюбилась. С этого момента карьера его целиком зависела от судьбы царевны. Поэтому Голицын делал все, чтобы продлить ее царствование. Для этого, полагал он, правление должно было быть мирным и успешным. Голицын знал о плачевном состоянии российского войска (при Федоре Алексеевиче он готовил проект военной реформы) и любой ценой стремился сохранить мир со всеми потенциальными противниками. Вначале он подтвердил все существующие договоры, в том числе явно невыгодный для России Кардисский мир со Швецией. Перемирие с Польшей истекало в 1702 году, а с Турцией и Крымом пока сохранялись добрососедские отношения. Но Голицын мечтал о России как о сильной европейской державе и с легкостью поддался на уговоры австрийских, польских и венецианских дипломатов, призывавших Россию войти в Священную лигу католических держав, чтобы вместе бороться против Турции.