В апреле Борис Годунов объявил военный поход против крымской орды и лично возглавил войска. Боярам ничего не оставалось, как занять высшие посты в армии под командованием Годунова — в противном случае их обвинили бы в измене. В начале мая русская армия выдвинулась навстречу татарскому войску и стала на Оке. Ставка Бориса расположилась в Серпухове. При Борисе находились и 500 выборных участников Земского собора, 1 августа утвердивших «избирательную грамоту» о наречении Бориса на царство. Противник на Оке так и не появился. Вместо вражеского войска явились крымские послы с мирными предложениями и тут же признали за Борисом царский титул. Приезжали и другие дипломаты. Борис устраивал пиры, раздавал жалованье. Дворянское воинство, особенно провинциальное, было довольно. Воевать было не с кем. Борис показывал себя щедрым царем. А если учесть, что незадолго до смерти Федора Иоанновича Годунов принял законы, прикреплявшие крестьян к земле и облегчавшие розыск беглых, он проявил себя еще и мудрым — ведь это спасало мелких помещиков от разорения. Не удивительно, что в июле страна с восторгом присягнула Борису. 1 сентября 1598 года он торжественно короновался в Успенском соборе.
«Доброе правление» продолжалось не более года. После этого практически все, кто противился «избранию» Бориса на царство или непочтительно о нем отзывался, подверглись преследованиям. Борис, следуя своему обещанию, старался избежать казней. Но годуновская ссылка иной раз оказывалась хуже смерти. Осужденных в тяжелых оковах отвозили в далекие северные монастыри или за Урал и оставляли там на самом скудном содержании. К тем, кому удавалось выжить, Годунов бывал милостив. Часто вскоре после суда он смягчал режим заключения, возвращал опальных из ссылки и даже возвращал им часть отобранных поместий.
Годунов надеялся основать новую династию и делал все, чтобы оставить о себе добрую память. Страна и в самом деле сильно изменилась в первые годы его правления. Хотя Годунов не был великим полководцем, в его царствование Русь расширила свои рубежи. В 1598 году было окончательно разгромлено Сибирское ханство, и всего за два года русские люди продвинулись с Иртыша и Оби к Енисею. После 1591 года наладились добрососедские отношения с Крымом, а в 1601 году было заключено двадцатилетнее перемирие с Речью Посполитой. Впервые за долгое время страна получила мирную передышку.
Быстрому возрождению разоренной Руси способствовали жесткие меры Годунова по закрепощению крестьян. Еще в 1597 году правительство приняло указ о кабальных холопах, запрещавший им возвращать себе личную свободу до смерти господина, и указ о пятилетием сыске беглых крестьян. Поначалу прикрепление крестьян к земле вовсе не означало «рабства». Смысл отмены Юрьева дня был в том, чтобы восстановить разоренное сельское хозяйство и упорядочить сбор налогов — ведь податями облагались не люди, а крестьянские дворы. Прикрепление крестьян к земле способствовало развитию сельского хозяйства, ибо крестьянин, который в любой момент мог уйти к другому владельцу, не слишком беспокоился об урожае.