За короткий срок эти меры позволили увеличить доходы казны. Годунов получил возможность строить мощнейшие крепости, соборы, открывать типографии и посылать отряды в Сибирь. Строительные проекты давали работу тысячам нуждающихся. Борис стремился развивать связи с Западной Европой и дал большие льготы немецким купцам. При нем вошел в строй порт в Архангельске, на целое столетие ставший морскими воротами России. Царь подумывал и об открытии в России университета по европейскому образцу и впервые отправил нескольких дворян учиться за границу.
Если бы эти начинания удались, возможно, Россия избежала бы многих бед. Но Борису Годунову не повезло. На его царствование выпало самое жестокое стихийное бедствие, которое испытала страна за последнюю тысячу лет.
Зимы в 16011602 годах были долгими и многоснежными. Летом неделями лили дожди, а иной раз выпадал и снег. Озимые гибли под снегом, яровые хлеба гнили на корню. В начале 1603 года цены на хлеб поднялись в 18 раз, деньги стремительно теряли цену, а запасов больше не было. Голодающие толпами стекались в столицу, но помощи уже не получали. В крупных городах съели всех кошек и собак, были случаи людоедства. Люди умирали от голода прямо на улицах. В Москве только в трех братских могилах похоронили 127 тысяч человек, в основном тех, кто пришел в столицу в надежде на спасение. Москвичей хоронили, как правило, на церковных кладбищах, и сколько их легло в землю — даже не считано. Современники полагали, что вымерла треть царства Московского. Участились разбои, и на борьбу с ними приходилось высылать специальные отряды под командованием опытных воевод.
Следующий год поначалу был полегче, но мало у кого осталось зерно для посева. И все же цены на хлеб немного понизились. Но позднее катастрофа повторилась — снова непрерывные дожди и ранние заморозки. Летопись сообщает, что «на Москве среди лета выпал снег великий и мороз был, в санях ездили». Это значит, что снег лежал, по меньшей мере, два-три дня. К этому времени хлеб подорожал уже в 25 раз.
Именно в это время в Литве объявился человек, называвший себя сыном Ивана Грозного царевичем Дмитрием (в историю он вошел под именем Лжедмитрия I), якобы чудом избежавший смерти и долгие годы скрывавшийся по монастырям. Он был неплохо образован, знал придворный этикет, многие секреты московского двора и подробности событий в Угличе. Некоторые ему верили, другие делали вид, что верят. Вскоре он был принят в замке сандомирского воеводы Юрия Мнишека в Самборе. Нашлись люди, помнившие Дмитрия по Угличу и подтвердившие, что беглый монах — сын Ивана Грозного.