Множество прародителей и уака, которым поклонялись в Империи, объединялись в две большие взаимопроникающие структуры: как считалось, одни уака происходили от Виракочи, другие — от Молнии. Таким образом, в андском пантеоне доминирует диада, разделяющая мир на две противопоставленные и взаимодополняющие сферы, — если уака являются местными божествами, «духами» тех или иных мест, то Виракоча и Молния — божествами космическими.
Божество, которое инки и обитатели бассейна озера Титикака называли Виракочей, в центре современного Перу было известно под именем Уари. Это имя происходит от слова уара-и, что в диалектах языка кечуа этого региона означает «занимающийся день». Форма Виракоча, вероятно, образовалась от него через перестановку звуков (уари > вира) и добавление термина коча, «озеро». Таким образом, имя Виракоча означает «озеро занимающегося дня». Действительно, известно, что Уари/Виракоча был божеством, происходящим из подземного океана (или самим этим океаном), по которому плавала земная·кора и из которого поднимались воды, снабжавшие озера и родники. Солнце каждый вечер погружалось в этот океан, чтобы снова выйти из него утром, откуда, по всей видимости, и пошло имя, которое носило это божество подземных вод. Виракоча покровительствовал ирригационныму земледелию, существование которого зависело от изобилия воды в снабжавших каналы источниках и озерах. В древние времена он объезжал мир, создавая пригодные для обработки участки земли, разграничивавшие их низкие стенки и системы орошения, распределяя эти ресурсы между различными айлью и обучая людей земледельческим технологиям. Одним из основных эпитетов, которыми инки наградили Виракочу, был пача ячачик, «тот, кто приводит в порядок почву». Это выражение обозначало как первоначальный акт создания сельскохозяйственной инфраструктуры, так и постоянное вмешательство данного божества ^ годичные циклы производства. Появление этого типа сельского хозяйства и этого нового порядка встретил противодействие со стороны уака, или некоторых из них, которых Уари/Виракоча победил и превратил в камни.
Что до Молнии, то он был тройственным божеством, олицетворяя различные, но тесно связанные между собой феномены: молнию, гром и грозу. В зависимости от регионов, ему давали разные названия: Льивиак, «Ясное Небо» — в центре Перу, Ильяпа, «Молния» — в Куско, Какиа, «Гром» — в районах, расположенных к югу от столицы. Это космическое божество имело, помимо прочего, несколько ипостасей, представлявших собой региональные божества, вроде Катекиля, в провинциях Кахамарка и Уамачуко, или Париакаки («Ярко-красная скала»), в провинции Уарочири. Если Виракоча был богом подземного мира и вод, исходивших оттуда через родники и озера, Молния был божеством неба, атмосферных явлений и дождя. Его представляли в виде высокого, худого мужчины, который инспектировал небо с палицей в одной руке и пращой — в другой. Гром был щелканьем пращи; молния — мерцанием блестящих украшений, покрывавших его тело; град — камнями, которыми он обстреливал землю. Он мог низвергнуть дождь Млечного Пути, который полагали широкой рекой, пересекающей небо. Так диада, возглавлявшая андский пантеон, определяла космическое противопоставление нижних и высших вод. В равной степени она воплощала два принципа, «руководивших» чередованием времен года: влажную жару периода дождей, проявление Уари/Виракочи, и сухую жару месяцев засухи, за которые отвечал Молния. Отсюда и идет имя Льивиаку которое носило это божество в центре Перу и которое испанцы иногда переводили как «ясность неба» (clam del cielo), а также оно называлось рупай, «жгучая жара».