Подозрение против Сесила упорно сохранялось в XVII веке. Так, епископ Годфри Гудман, которому во время раскрытия заговора было около 20 лет, писал в своих «Воспоминаниях», что «великий государственный деятель» «вначале сочинял, а потом раскрывал измену, и чем она была более гнусной и ненавистной, тем большими и более приемлемыми представлялись его услуги». Среди родственников казненных заговорщиков было распространено убеждение, что Кетсби, Фокс и другие стали жертвами «государственной интриги». В 1615 году власти даже раскрыли «заговор», в котором участвовали родные погибших участников «порохового заговора», стремившиеся отомстить за смерть невинно осужденных, по их мнению, мучеников. В 1658 году епископ Толбот писал, что Сесил «изобрел или по меньшей мере раздувал „пороховой заговор”». Споры об ответственности за события 1605 года снова стали обсуждаться в конце 70 — начале 80-х годов XVII в. во время так называемого «папистского заговора». Опять повторялись утверждения о роли, сыгранной Робертом Сесилом.
Однако все эти примеры — их число можно умножить, — по существу, доказывают лишь то, что подозрение о фабрикации Сесилом «порохового заговора» было достаточно широко распространено при жизни его современников и их ближайших потомков. Трудно предполагать, чтобы такие подозрения не высказывались, если учесть, насколько они выгодны католической. партии.
Иезуиты со своей стороны тоже не раз пытались опровергнуть свое участие в заговоре. И вот в конце XIX века, когда иезуитская историография стала быстро набирать силу, некий отец Джерард (однофамилец помощника Гарнета) выпустил книгу, в которой подверг критике многие положения общепринятой истории заговора Гая Фокса. Он обратил внимание на такие явные несообразности, как бездействие властей после «расшифровки» письма к Монтиглу, неумение обнаружить далеко продвинутый подкоп из близлежащего дома. Не объясняется ли эта несообразность тем, что подкопа вовсе не было и поэтому возникла необходимость утверждать, что заговорщики уничтожили все следы проделанной работы? Еще один важный довод — при таком глубоком подкопе необходимо было вынести из дома очень большое количество земли и разбросать в прилегающем к Винегр-хаузу крохотном садике, притом не возбуждая ничьего любопытства на таком многолюдном месте, как площадь перед парламентом. Далее, каким образом заговорщики раздобыли большое количество пороха, потребное для производства взрыва? Ведь порох с 1601 года был государственной монополией, его расходованием ведали близкие друзья Сесила — граф Девоншир и его заместители Кэрью и Брукнер. Не случайно судьба пороха, якобы изъятого у заговорщиков, нигде не отражена в официальных бумагах и остается неизвестной. Этот довод часто повторяли и другие католические историки. Выяснилось, например, что, когда возникла нужда в связи с финансовыми расчетами проверить расход пороха, это было разрешено сделать только за период с 1578 по 1604 год — то есть до года раскрытия «порохового заговора». Впоследствии бумаги о расходе пороха за этот год затерялись. И тем не менее, этот аргумент Джерарда не является бесспорным. Приобретение пороха все же не представляло непреодолимых трудностей, государственная монополия стала строго осуществляться лишь позднее. Незадолго до «порохового заговора» комендант Тауэра сообщал, что один лондонский купец имеет у себя на складе 40 тонн пороха. Надо учитывать также, что солдаты тогда не получали пороха и были обязаны сами покупать его, обычно у своих офицеров.