Важно отметить, что захват переписки в июне 1567 года отнюдь не привел к тому, что позиция лордов в отношении Марии стала более жесткой. В заявлениях 30 июня и 11 июля повторялись утверждения, что королева была силой увезена Босвелом — в явном противоречии со свидетельством «писем из ларца», если они, разумеется, не являются подделкой. Еще 14 июля (т. е. за 10 дней до отречения Марии) Николас Трокмортон сообщал из Эдинбурга, что лорды говорят с почтением о Марии и собираются восстановить ее на престоле, несмотря на враждебность общественного мнения.
«Письма из ларца» были использованы против королевы только через несколько месяцев после ее отречения, в декабре 1567 года. Именно тогда шотландский Тайный совет постановил, что парламент должен оправдать восстание лордов против королевы, поскольку собственноручно написанные ею письма безусловно уличают Марию как участницу убийства Дарнлея. Таким образом, у лордов было целых полгода для подлога. Возможно, что шлифовка подделки продолжалась еще до лета 1568 года. По крайней мере, при неофициальной передаче корреспонденции членам английской комиссии там определенно находились письма, не включенные в окончательный набор (это явствует из свидетельства английской стороны, что ей были показаны письма, содержащие сведения, которые не фигурируют в опубликованных позднее «письмах из ларца»).
Вопрос о том, насколько были искажены письма, попавшие в руки лордов, был предметом бесконечных споров среди исследователей. «Среди всех вызывающих споры исторических сюжетов историю Марии Стюарт уже много лет считают поразительно сложной, запутанной и продолжают считать таковой и поныне», — писал в 1754 году шотландский историк У. Гудел в книге «Анализ писем, как утверждают, написанных Марией, королевой шотландской, графу Босвелу». В это время известный философ и историк Д. Юм в своей «Истории Англии» целиком встал на сторону противников Марии Стюарт. Юма поддержал У. Робертсон, едва ли не самый известный шотландский историк, автор — уже упомянутой «Истории Шотландии в правление королевы Марии».
Одну из наиболее основательных попыток доказать подложность писем предпринял в середине XVII века цитированный выше У. Гудел. Он признавал, что задача подделки писем королевы была очень сложной. Поэтому сначала сфабриковали письма и любовные стихи по-шотландски, а лишь потом их перевели на французский и латинский языки. Гудел пытался путем лингвистического анализа доказать, что французский текст является переводом с шотландского оригинала. Иногда переводчик даже не вполне понимал тонкости стиля оригинала. Шотландские идиомы и пословицы переводились механически, при этом терялся их смысл. У. Гудел выдвинул идею, что речь могла идти не только о подделке, но и о частичном изменении текста писем королевы. Теория Гудела через сто лет была модернизирована Д. Хозеком.